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J-GLOBAL ID：200902250277766165   整理番号：09A0152330

ドラフトゲノムにおける遺伝子空間の評価

Assessing the gene space in draft genomes

著者 (5件)： PARRA Genis (Univ. California Davis, CA, USA) ,  BRADNAM Keith (Univ. California Davis, CA, USA) ,  NING Zemin (Wellcome Trust Sanger Inst., Hinxton, GBR) ,  KEANE Thomas (Wellcome Trust Sanger Inst., Hinxton, GBR) ,  KORF Ian (Univ. California Davis, CA, USA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 37  号： 1  ページ： 289-297  発行年： 2009年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム配列決定プロジェクトは,広範囲の真核生物に対して開始されてきた。少数のプロジェクトは完成に達したが,ほとんどはドラフト集合として存在する。ゲノム配列決定の最も重要な理由の一つは,遺伝子の目録を決定することである。配列カバー度とN50長は,ゲノムプロジェクトの塩基対を記述するのに有用であるが,ゲノム空間の状態は記述されない。すなわち,配列における遺伝子を同定できるかどうかは扱わない。ここで,高度に保存された真核生物遺伝子セットを,マッピングするCEGMAプロトコールを用いて遺伝子空間を評価する,新しい方法を報告する。初期の458CEG(コア真核生物遺伝子)セットを,248CEGサブセットに改良し,同定した。これらは,高等真核生物で高度に保存され,一般に低コピー数で存在する,と考えられる。真核生物ゲノム集合の系統的に多様なセットの解析から,ドラフトゲノムにおいてマッピングされたCEGの割合が,ゲノム空間を記述する有益な評価基準を与え,通常用いられるN50長と配列カバー倍数の数値を補完する,ことが分かった。

シソーラス用語： *真核生物 ,  *ゲノム ,  プロジェクト ,  コピー数 ,  *評価 ,  情報科学 ,  生物学 ,  データベース ,  クローン ,  ヒト ,  哺乳類 ,  脊椎動物 ,  植物 ,  かび ,  原生動物 ,  遺伝子 ,  コンティグ ,  バイオインフォマティクス ,  昆虫綱 ,  線形動物 ,  キイロショウジョウバエ ,  脊索動物門 ,  *生物 ,  人文科学 ,  動物 ,  節足動物 ,  無脊椎動物
準シソーラス用語： 昆虫類 ,  線虫類 ,  Drosophila melanogaster ,  *ゲノムプロジェクト ,  脊索動物

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： ドラフト ,  ゲノム ,  遺伝子 ,  評価