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J-GLOBAL ID：200902257711089074   整理番号：08A1141156

相関係数マトリックスを用いたT-RFLPデータ分析法の開発と応用

Development and application of a T-RFLP data analysis method using correlation coefficient matrices

著者 (7件)： NAKANO Yoshio (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN) ,  TAKESHITA Toru (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN) ,  KAMIO Noriaki (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN) ,  SHIOTA Susumu (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN) ,  SHIBATA Yukie (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN) ,  YASUI Masaki (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN) ,  YAMASHITA Yoshihisa (Dep. of Preventive Dentistry, Fac. of Dental Sci., Kyushu Univ., JPN)
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 75  号： 3  ページ： 501-505  発行年： 2008年12月 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境的な微生物研究は,通常,16S rRNA遺伝子の末端的制限酵素断片長多型(T-RFLP)を用いて,例えば,コミュニティー構造が物理化学的および生物学的条件の変動に関係して時間的および空間的に変化することを分析してきた。様々な環境からのサンプルを比較するためには,T-RFLPが最も有効であるが,多量のサンプルを効果的に分析することは,現在利用が可能なインターネットを利用したツールを用いても困難となっている。このジレンマを解決するために,末端断片結合を推定するための新しい手法を使用し,全サンプルから同時に生み出された2種の蛍光染料を用いて相関解析を行った。この推測は,1つの全長PCR断片からの2つの末端断片比率が各分析においてほぼ同数であるとする見込みに基づいて行われた。本プログラムを用いて,73人のヒト唾液中の口腔微生物相を分析し,ピーク面積が少なくとも0.5%を有し,相関係数が0.55以上である24の細菌グループを40sのT-RFsから同定した。Copyright 2008 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *微生物 ,  環境効果 ,  マイクロバイオーム ,  生物多様性 ,  コミュニティ ,  蛍光染料 ,  ヒト ,  唾液 ,  口腔 ,  口腔衛生 ,  口内微生物 ,  微生物検査 ,  rRNA ,  16S rRNA
準シソーラス用語： RFLP

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (5件)： 相関係数 ,  マトリックス ,  データ分析 ,  開発 ,  応用