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J-GLOBAL ID：200902263489986020   整理番号：09A1193767

ササゲ[Vigna unguiculata (L) Walp.]の合意遺伝子地図およびEST由来のSNPに基づくシンテニー

A consensus genetic map of cowpea [Vigna unguiculata (L) Walp.] and synteny based on EST-derived SNPs

著者 (12件)： MUCHERO Wellington (Univ. California, CA) ,  DIOP Ndeye N. (Univ. California, CA) ,  BHAT Prasanna R. (Univ. California, CA) ,  FENTON Raymond D. (Univ. California, CA) ,  WANAMAKER Steve (Univ. California, CA) ,  POTTORFF Marti (Univ. California, CA) ,  HEARNE Sarah (International Inst. of Tropical Agriculture, Ibadan, NGA) ,  CISSE Ndiaga (Senegalese Inst. of Agricultural Res., Bambey, SEN) ,  FATOKUN Christian (International Inst. of Tropical Agriculture, Ibadan, NGA) ,  EHLERS Jeffrey D. (Univ. California, CA) ,  ROBERTS Philip A. (Univ. California, CA) ,  CLOSE Timothy J. (Univ. California, CA)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 106  号： 43  ページ： 18159-18164  発行年： 2009年10月27日 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム資源が限られているササゲ[Vigna unguiculata (L) Walp.](2n=2x=22)につき,ハイスループットEST由来のSNP解析および検証を行うと共に,合意遺伝子地図の構築における応用,参照ゲノムに対するシンテニー決定を行った。17種のcDNAライブラリから配列決定した183118個のESTからSNP検索を行ったところ,約10000の高信頼度SNPが得られ,それらを元にイルミナで1536-SNP GoldenGate遺伝子型決定アレイを作成した。6つのマッピング集団由来の741の組換近交系について適用し,約90%のSNPから技術的に成功し信頼できる1375のマーカーが得られた。これらの内928を,11の連鎖群と平均マーカー間距離0.73cMを持つ全長680cMの合意遺伝子地図内に取り込んだ。他のマメ科植物のダイズ(Glycine max)やMedicago truncatulaとササゲの遺伝子地図の比較からそれぞれ85%および82%と広範囲のマクロシンテニーが存在する一方で,Arabidopsisとの比較からはいくつかの保存マイクロシンテニーと共に広範囲のゲノム再編成が示された。本研究から,ダイズとササゲの進化的な親近性を改めて明らかにし,マメ科植物におけるシンテニーに基づく機能ゲノム研究の領域が同定された。

シソーラス用語： *ササゲ ,  *遺伝子地図 ,  相同性 ,  一塩基多型 ,  連鎖地図 ,  種差 ,  DNAマーカー ,  遺伝子型
準シソーラス用語： EST ,  SNP ,  *Vigna unguiculata ,  シンテニー

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： ササゲ ,  Vigna ,  合意 ,  遺伝子地図 ,  EST ,  SNP ,  シンテニー