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J-GLOBAL ID：200902270082018050   整理番号：09A0205619

生体分子系に対するQM/MM法

QM/MM Methods for Biomolecular Systems

著者 (3件)： SENN Hans Martin (WestCHEM) ,  SENN Hans Martin (Univ. Glasgow, Glasgow, GBR) ,  THIEL Walter (Max-Planck-Inst. Kohlenforschung, Muelheim an der Ruhr, DEU)
資料名： Angewandte Chemie. International Edition  (Angewandte Chemie. International Edition)
巻： 48  号： 7  ページ： 1198-1229  発行年： 2009年 
JST資料番号： H0127B  ISSN： 1433-7851  CODEN： ACIEAY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体系における分子反応モデリング法として,量子力学(QM)的方法と分子力学(MM)的方法を結合した方法がしばしば用いられる。QM法は化学反応及びその他の電子過程(電荷移動や電子励起)を記述するのに必要である。しかし,QM法で取り扱える分子系はせいぜい数100原子どまりである。これを数10万原子からなる系生体分子系に拡張するためにはMM法が有効である。本レビューはQM/MM法の基礎とその応用例を以下の項目に分けて解説した。1)QM/MM法 A.一般的特徴,B.QM/MMエネルギー表現,C.QM-MM境界をまたぐ共有結合,2)QM/MMのための最適化及びシミュレーション法 A.一般的コメント,B.停留点と反応経路,C.分子動力学とシミュレーション法(QM/MM分子動力学及びモンテカルロシミュレーション,QM/MM自由エネルギー摂動,その他の自由エネルギー法),3)QM/MM法の応用例 A.QM/MM実行のためのソフトウエア,B.QM/MMの応用分野,C.分光学ならびに励起状態特性のQM/MM計算,D.酵素反応についてのQM/MM研究(para-ヒドロキシ安息香酸ヒドロキシラーゼ,コリスミ酸ムターゼ,チトクロームP450)4)QM/MMによる最近の生体分子研究(2006~2007年における研究例を一覧表にして示した)。

シソーラス用語： *分子内力学 ,  *シミュレーション ,  *計算機シミュレーション ,  *酵素反応 ,  モノオキシゲナーゼ ,  コリスミ酸ムターゼ ,  チトクロームP450
準シソーラス用語： *QM/MM法【分子力学】 ,  ヒドロキシ安息香酸ヒドロキシラーゼ ,  *モンテカルロシミュレーション ,  *分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  巨大分子,高分子  (BH09020D)

タイトルに関連する用語 (2件)： 生体分子 ,  MM法