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J-GLOBAL ID：200902271290855620   整理番号：09A0148323

Illumina/Solexa短配列読み取りを使用するPseudomonas syringae pv.syringae B728aゲノムのde novo集合

De novo assembly of the Pseudomonas syringae pv. syringae B728a genome using Illumina/Solexa short sequence reads

著者 (4件)： FARRER Rhys A. (Sainsbury Lab., Norwich, GBR) ,  KEMEN Eric (Sainsbury Lab., Norwich, GBR) ,  JONES Jonathan D.G. (Sainsbury Lab., Norwich, GBR) ,  STUDHOLME David J. (Sainsbury Lab., Norwich, GBR)
資料名： FEMS Microbiology Letters  (FEMS Microbiology Letters)
巻： 291  号： 1  ページ： 103-111  発行年： 2009年02月 
JST資料番号： E0002C  ISSN： 0378-1097  CODEN： FMLED7  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 短い読込みによるde novo配列集合へのいくつかのアルゴリズムは,VELVET,EDENA,SSAKE,VCAKEなどの自由に調達可能なソフトウェアパッケージとして使用されている。これらのサブセット(VELVET及びSSAKE)は,一対のデータセットで見出された付加情報を使うことができる。これら集合のどちらが6Mb細菌ゲノム(Pseudomonas syringae pv.syringae B728a)36ヌクレオチド読み取りの42×deep Solexaデータセットに最高性能を与えるかについて調べた。さらに,一対読み取りが配列集合品質に有意な改良をもたらすかどうかについて評価した。VELVETはスピード,コンティグ長,精度の最良バランスを与えた。VELVETはコンティグ長における有意な増加をもたらす一対読み取り情報を引き出した。EDENAは小さなコンティグと同等のエラー率を生じた。SSAKE及びVCAKEは,高いエラー率で短いコンティグをもたらした。400bp挿入物を有する一対末端配列の集合は,より長いコンティグを生じた。自由に調達可能な配列集合ソフトウエアと組み合わせたSolexa技術は,約40×deep配列データセットからの適度な精度の集合をもたらすために使用できることなどを示した。

シソーラス用語： *ゲノム ,  ヌクレオチド配列 ,  クローン ,  情報科学 ,  生物学 ,  Pseudomonas syringae ,  データベース ,  分析機器 ,  *集合 ,  精度 ,  速度 ,  ソフトウェア ,  コンティグ ,  バイオインフォマティクス ,  人文科学 ,  微生物
準シソーラス用語： *de novo集合 ,  EDENA ,  Illumina ,  SSAKE ,  Solexa ,  VCAKE ,  VELVET

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 読み取り ,  Pseudomonas ,  PV ,  ゲノム ,  集合