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J-GLOBAL ID：200902273311839436   整理番号：09A1246250

原核生物の種の定義を最も信頼できる遺伝子基準に変更する

Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition

著者 (2件)： RICHTER Michael (UIB, Esporles, ESP) ,  ROSSELLO-MORA Ramon (UIB, Esporles, ESP)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 106  号： 45  ページ： 19126-19131  発行年： 2009年11月10日 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 原核生物のゲノム情報を現在の分類知識と両立させて,最も信頼できる基準として,伝統的なDNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH)から平均ヌクレオチド同一度(ANI)を用いる方法に変更することを提案した。BLASTアルゴリズムに基づいたANI計算のためのソフトウェアツールとしてJSpeciesおよびMUMmer高速整列ツールを用いた。これらの方法はDDHに代わる方法として適当であった。さらに,JSpeciesソフトウエアは4塩基特性指標作成,ANIと相関する整列化不要のパラメータ分析が可能で,一対の生物データの解析が容易であった。また,対象生物の遺伝子全配列データがなくても少なくとも20%のランダム配列データで分析できる特徴を有した。

シソーラス用語： 原核生物 ,  ゲノム ,  遺伝情報 ,  *ヌクレオチド配列 ,  分子ハイブリダイゼーション ,  データ検索システム ,  計算機アルゴリズム ,  支援プログラム ,  ケモタキソノミー ,  オリゴヌクレオチド ,  相同性検索プログラムBLAST
準シソーラス用語： BLAST

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 原核生物 ,  種 ,  定義 ,  信頼 ,  遺伝子