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J-GLOBAL ID：200902274701332533   整理番号：09A0415474

蛋白質における金属部位の構造解析:事例研究としての非ヘム鉄部位

Structural Analysis of Metal Sites in Proteins: Non-heme Iron Sites as a Case Study

著者 (8件)： ANDREINI Claudia (Magnetic Resonance Center (CERM) - Univ. of Florence, Via L. Sacconi 6, 50019 Sesto Fiorentino, ITA) ,  ANDREINI Claudia (Dep. of Chemistry - Univ. of Florence, Via della Lastruccia 3, 50019 Sesto Fiorentino, ITA) ,  BERTINI Ivano (Magnetic Resonance Center (CERM) - Univ. of Florence, Via L. Sacconi 6, 50019 Sesto Fiorentino, ITA) ,  BERTINI Ivano (Dep. of Chemistry - Univ. of Florence, Via della Lastruccia 3, 50019 Sesto Fiorentino, ITA) ,  CAVALLARO Gabriele (Magnetic Resonance Center (CERM) - Univ. of Florence, Via L. Sacconi 6, 50019 Sesto Fiorentino, ITA) ,  CAVALLARO Gabriele (Dep. of Chemistry - Univ. of Florence, Via della Lastruccia 3, 50019 Sesto Fiorentino, ITA) ,  NAJMANOVICH Rafael J. (EMBL - European Bioinformatics Inst., Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, GBR) ,  THORNTON Janet M. (EMBL - European Bioinformatics Inst., Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, GBR)
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 388  号： 2  ページ： 356-380  発行年： 2009年05月01日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 金属蛋白質において,蛋白質環境は金属特性を調節し,要求される目的,すなわち蛋白質の安定性や機能を達成する。蛋白質構造が提供する細部の原子レベルでの金属部位の解析は,蛋白質の機能及び進化の研究に有効であると思われる。本研究において,金属の第一及び第二の配位圏を形成する蛋白質残基のPDB配位子を含む金属部位の構造鋳型に基づいた,金属蛋白質の研究に対して構造バイオインフォマティクス法を提案した。この方法を,種々のレベルで分析されてきた非ヘム鉄部位に適用した。種々の蛋白質ドメインに位置する部位の鋳型を比較し,類似部位が収斂進化の結果として非関連蛋白質に見出されることを示した。大きなスーパーファミリーの蛋白質に位置する部位の鋳型を比較し,種々の機能を達成する蛋白質の分岐進化の有望な機構を示した。さらに,非特性化蛋白質の機能の推定に鋳型比較を用いて,金属部位に焦点を当てた類似研究が典型的な全ドメイン比較と有利に組合わせるることができることを示した。最後に,金属部位の構造鋳型がデータベースにおける金属蛋白質の系統的分類の基礎を構成すると思われる。Copyright 2009 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *結合部位 ,  鉄 ,  分子進化 ,  データベース ,  分子構造 ,  構造解析 ,  *非ヘム鉄タンパク質 ,  クラスタ形成 ,  収斂進化 ,  バイオインフォマティクス

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質 ,  金属部 ,  構造解析 ,  研究 ,  非ヘム鉄