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J-GLOBAL ID：200902280607532472   整理番号：08A0523854

配位子結合親和性予測のためのプログラムの評価

Assessment of Programs for Ligand Binding Affinity Prediction

著者 (2件)： KIM Ryangguk (Georgia Inst. of Technol., Georgia) ,  SKOLNICK Jeffrey (Georgia Inst. of Technol., Georgia)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 29  号： 8  ページ： 1316-1331  発行年： 2008年06月 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ドッキング計算プログラムFlexX,X-Score,AutoDock,BLEEPの結合親和性予測性能を種々の場合について比較した。酵素基質複合体の結晶構造,非結晶受容体と配位子の交差ドッキング,熱的にアンフォールディングされた受容体デコイと配位子のドッキング,ランダム化された配位子デコイとの錯体構造の結合自由エネルギーを求めた。結合自由エネルギーの推算値と実測値の相関は見られず,これらのプログラムには重要な要因が欠けていると考えられる。配位子分子量-結合親和性相関が見られることから,従来の報告による成功例は分子量-親和性相関の顕著なデータセットの特性に依存した可能性がある。

シソーラス用語： *配位子 ,  *ドッキング ,  *予測技法 ,  *親和性 ,  *結合エネルギー ,  評価 ,  応用プログラム ,  酵素基質複合体 ,  結晶構造 ,  デコンボリューション ,  受容体 ,  依存性 ,  *分子間相互作用 ,  分子化合物 ,  錯体生成 ,  基質特異性 ,  分子認識
準シソーラス用語： AutoDock ,  BLEEP ,  FlexX ,  X-Score ,  アンフォールディング ,  プログラム評価 ,  分子量依存性

分類 (3件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  熱化学  (CB02040L) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 配位子 ,  結合親和性 ,  予測 ,  評価