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J-GLOBAL ID：200902292616787783   整理番号：09A0133784

蛋白質-蛋白質界面の評価のための新しい指標の開発 集合空間体積,集合空間距離,および全体形状ディスクリプタ

Development of new indices to evaluate protein-protein interfaces: Assembling space volume, assembling space distance, and global shape descriptor

著者 (2件)： MAEDA Miki H. (Bioinformatics Res. Unit, National Inst. of Agrobiological Sciences, Kannondai 2-1-2, Tsukuba, Ibaraki 305-8602, JPN) ,  KINOSHITA Kengo (Inst. of Medical Sci., Univ. of Tokyo, 4-6-1 Shirokanedai, Minatoku, Tokyo 108-8639, JPN)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 27  号： 6  ページ： 706-711  発行年： 2009年02月 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-蛋白質相互作用は蛋白質の細胞機能開始の基本となるものであり,従って蛋白質界面の構造解析はそれらの分子レベル官能性の理解の第一段階である。界面適合性の評価には形状補完性が用いられているが,従来法は補完性の二つの要素である表面形状適合性と分子対間のギャップサイズを区別せず,また界面全体形状を評価できない。従って,蛋白質界面記述の新しい三種の指標,集合空間体積(ASV),集合空間距離(AS距離),および全体形状ディスクリプタ(GS)を提案した。ASVはDelaunay分割により計算され,AS距離はASVとデルタASA(接近可能表面積)の比として計算される。GSは長辺Delaunay四面体と集合空間のすべての四面体の体積比として計算される。三種の指標の有用性の評価のためにホモ二量体蛋白質に本法を適用し,LaskowskiのSURFNETおよびLawrence-Colmanの形状補完性と系統的な比較を行った。その結果,本指標は従来のものとは異なる挙動を示し,すべての蛋白質界面のAS距離の一般的トレンドとして蛋白質-蛋白質界面の新しい特性に光を与える。Copyright 2009 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *分子間相互作用 ,  *界面 ,  分子構造 ,  両立性 ,  相補性 ,  *指標 ,  体積 ,  距離 ,  形態 ,  二量体 ,  三角形分割 ,  多面体 ,  応用プログラム ,  錯体生成 ,  分子化合物
準シソーラス用語： Delaunay分割 ,  SURFNET ,  ディスクリプタ ,  形状 ,  適合性 ,  補完性

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (8件)： 蛋白質 ,  界面 ,  評価 ,  指標 ,  開発 ,  集合 ,  体積 ,  形状ディスクリプタ