転写配列を取得する方法

発明者： , , ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (1件)：鈴江武彦 (外5名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-377888
公開番号（公開出願番号）：特開2002-176980
出願日： 2000年12月12日
公開日（公表日）： 2002年06月25日
要約：

【要約】【課題】既知の遺伝子配列データ、ESTデータ、ゲノムデータを利用して未知の遺伝子配列を暫定的に決定すること。【解決手段】既知遺伝子配列のデータベース、既知EST配列のデータベース、およびゲノム配列のデータベースに含まれる既知の遺伝子配列および既知のEST配列から相同検索することにより第一のコンセンサス配列を得、該第一のコンセンサス配列のデータベース(A)を構築する。一方、前記データベースの既知のゲノム配列からmRNAに転写される領域を予測して予測遺伝子配列を抽出し、該予測遺伝子配列のデータベース(B)を構築する。前記データベース(B)に含まれる特定の予測遺伝子配列について、前記データベース(A)に含まれるコンセンサス配列と相同検索することにより、未知遺伝子の配列データとしての第二のコンセンサス配列を得る。

請求項（抜粋）：

既知遺伝子配列のデータベース、既知EST配列のデータベース、およびゲノム配列のデータベースから未知遺伝子の暫定配列を決定するための方法であって:前記データベースに含まれる既知の遺伝子配列および既知のEST配列から相同検索することにより第一のコンセンサス配列を得、該第一のコンセンサス配列のデータベース(A)を構築するステップと;前記データベースの既知のゲノム配列からmRNAに転写される領域を予測して予測遺伝子配列を抽出し、該予測遺伝子配列のデータベース(B)を構築するステップと;前記データベース(B)に含まれる特定の予測遺伝子配列について、前記データベース(A)に含まれるコンセンサス配列と相同検索することにより、未知遺伝子の配列データとしての第二のコンセンサス配列を得るステップとを具備したことを特徴とする方法。

IPC (3件)：

C12N 15/09 ZNA , C12Q 1/68 , G06F 17/30 170

FI (3件)：

C12Q 1/68 Z , G06F 17/30 170 F , C12N 15/00 ZNA A

Fターム (17件)：

4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA20 , 4B024HA19 , 4B063QA13 , 4B063QQ43 , 4B063QQ53 , 4B063QR08 , 4B063QR32 , 4B063QR38 , 4B063QR42 , 4B063QR62 , 4B063QS25 , 4B063QS39 , 4B063QX10 , 5B075ND20 , 5B075UU19

引用文献：

審査官引用 (2件)

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