DNAが有する標的塩基を判別する方法

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (4件)：角田嘉宏 , 古川安航 , 西谷俊男 , 幅慶司
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2005-336217
公開番号（公開出願番号）：特開2007-135521
出願日： 2005年11月21日
公開日（公表日）： 2007年06月07日
要約：

【課題】標的SNP塩基の3’側にすぐ隣接する塩基がCであり、もう一塩基隣の塩基がGであるときに、擬陽性の可能性が極めて低く、かつ明確にSNP判別が可能なアレル特異性プライマーを提供する。【解決手段】 3’末端塩基をSNP対応塩基とし、かつ3’末端から2番目および3番目の塩基からなる配列が、5’-AT-3’、5’-TT-3’、5’-GA-3’、5’-GT-3’のいずれかとし、かつ3’末端から4番目の塩基から5’末端の塩基までの塩基配列を、標的SNP塩基から3’側に対して三塩基隣の塩基から所望の塩基までの配列に対して相補的に設計する。【選択図】図2

請求項１：

DNAが有する標的塩基を判別する方法であって、前記方法は、 (1) A、T、G、およびCの4種類の塩基の中から前記標的塩基として予想される塩基と相補的な塩基を3’末端に有するアレル特異性プライマーを前記DNAに結合させてDNA伸長反応を生じさせるDNA伸長工程、および (2) 前記DNA伸長工程の効率を調べ、高効率であれば前記標的塩基は前記予想された塩基と同一であると判別され、低効率であれば前記標的塩基は前記予想された塩基とは異なると判別される判別工程を有し、前記DNAにおいて、前記標的塩基の3’末端側にすぐ隣接する塩基がCであり、もう一塩基隣の塩基がGであり、前記アレル特異性プライマーの3’末端塩基が前記標的塩基であると予想される塩基と相補的であり、前記アレル特異性プライマーの3’末端から2番目および3番目の塩基からなる配列が、5’-AT-3’、5’-TT-3’、5’-GA-3’、5’-GT-3’のいずれかであり、かつ前記アレル特異性プライマーの3’末端から4番目の塩基と5’末端の塩基との間の塩基配列が、前記アレル特異性プライマーの3’末端から4番目の塩基に対応する前記DNA側の塩基と前記アレル特異性プライマーの5’末端の塩基に対応する前記DNA側の塩基との間の塩基配列に相補的に結合する、方法。

IPC (3件)：

C12N 15/09 , C12Q 1/68 , G01N 21/78

FI (3件)：

C12N15/00 A , C12Q1/68 A , G01N21/78 C

Fターム (18件)：

2G054CA22 , 2G054EA02 , 4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA20 , 4B024HA20 , 4B063QA01 , 4B063QA12 , 4B063QA13 , 4B063QQ62 , 4B063QQ89 , 4B063QR02 , 4B063QR32 , 4B063QR62 , 4B063QS16 , 4B063QS25 , 4B063QS36 , 4B063QX02

引用特許：

出願人引用 (6件)

米国特許公開第2003/0049628号
米国特許公開第2003/0148301号
米国特許公開第2004/0197803号

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