特許
J-GLOBAL ID：200903004748037960
質量分析データを使用したタンパク質同定のための方法
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：
山本 秀策
, 安村 高明
, 森下 夏樹
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-573667
公開番号（公開出願番号）：特表2005-519289
出願日： 2002年09月09日
公開日（公表日）： 2005年06月30日
要約：
本教示は、質量分析アプローチに基づいて、既知のペプチドのデータベースに対して問い合わせペプチドを一致させるための方法を記載する。本明細書中に記載される方法は、未知の問い合わせペプチドの迅速で高感度かつ選択的な同定を容易にし、そして実質的に自動化された高スループットのタンパク質同定を実施するアプリケーションを開発する能力を提供する。本明細書中に記載される方法はまた、問い合わせペプチドについての質量分析データが、その品質に従って分類および重み付けされることを可能にする。さらに、本明細書中に記載される方法は、改変を実施するかまたは改変ペプチド質量について調節するかのいずれかによって、改変問い合わせタンパク質の強力な同定を提供する。
請求項（抜粋）：
複数のデータベースペプチドを使用して、問い合わせペプチドの正体を決定するための方法であって、該方法は、以下:
該複数のデータベースペプチドおよびその骨格イオンフラグメントから得られた質量を使用して、複数のペプチド質量値を含むインデックステーブルを構築する工程;
該問い合わせペプチドおよび1つ以上の問い合わせペプチド骨格フラグメントまたはイオンに関連する、複数の問い合わせ質量値を同定する工程;
該インデックステーブルに含まれる質量に対応する問い合わせ質量値を同定し、そして複数の比較スコアを生成する工程であって、該複数の比較スコアは、該問い合わせ質量値と、該インデックステーブルに含まれる質量との間の対応を反映する、工程;ならびに
該比較スコアを評価して、最大の比較スコアに基づいて、該問い合わせペプチドに関連する少なくとも1つのデータベースペプチドを同定する工程、
を包含する、方法。
IPC (3件)：
G01N27/62
, G01N33/483
, G01N33/68
G01N27/62 V
, G01N27/62 D
, G01N33/483 Z
, G01N33/68
