蛋白質構造予測装置、蛋白質構造予測方法、プログラム、および、記録媒体

発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：酒井宏明 (外1名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2001-398569
公開番号（公開出願番号）：特開2003-196575
出願日： 2001年12月27日
公開日（公表日）： 2003年07月11日
要約：

【要約】【課題】相関の複雑な多様体や相関の確信度をも表現可能なように、部分配列から部分構造の相関を計算し、構造を予測することができるシステム等を提供することを課題とする。【解決手段】本発明は、ある配列Aの周りに存在するこの配列に似ている配列が、構造空間上でどの構造クラスターに属するか(どのような似方をしていれば、どの構造クラスターに属するか)を計算し、この配列の周りに仮想的なクラスターを作成する。そして、本発明は、ある未知構造配列断片Xが与えられたとき、これが配列Aに似ている、配列Cに似ているなどの情報を取得し、これらの情報に基づいて仮想クラスターを組み合わせて、最終的に配列がどの構造クラスターに属するかを予測する。

請求項（抜粋）：

蛋白質の配列情報および立体構造情報に基づいて、配列情報を所定の長さに分割した断片配列とそれに対応する断片構造とを作成し、当該断片構造の類似度に基づいて断片構造クラスターを作成する断片構造クラスター作成手段と、上記断片配列について配列空間上における周囲の上記断片配列と配列類似性検索を行う断片配列類似性検索手段と、上記断片配列の類似配列が上記断片構造クラスターに属する確率である確信度を、上記断片配列と上記構造クラスターとの行列で表示する確信度マトリックスを作成する確信度マトリックス作成手段と、利用者に問合せ配列を入力させる問合せ配列入力手段と、上記問合せ配列入力手段にて入力された上記問合せ配列を所定の長さに分割して問合せ断片配列を作成する問合せ断片配列作成手段と、上記問合せ断片配列作成手段にて作成された上記問合せ断片配列について、上記断片配列と配列類似性検索を行う問合せ断片配列類似性検索手段と、上記確信度マトリックス作成手段にて作成した上記確信度マトリックスと、上記問合せ断片配列類似性検索手段の検索結果とに基づいて、上記問合せ断片配列が上記断片構造クラスターに属する確率を計算する断片構造確率計算手段と、上記断片構造確率計算手段にて計算された上記確率に基づいて、上記問合せ配列の上記断片構造を予測する断片配列構造予測手段と、を備えたことを特徴とする蛋白質構造予測装置。

IPC (4件)：

G06F 19/00 100 , G01N 33/48 , G01N 33/68 , G06F 17/30 170

FI (4件)：

G06F 19/00 100 , G01N 33/48 Z , G01N 33/68 , G06F 17/30 170 F

Fターム (4件)：

2G045DA36 , 2G045JA01 , 2G045JA07 , 5B075UU18

引用文献：

審査官引用 (4件)

全件表示

前のページに戻る