特許
J-GLOBAL ID：200903005824494735
タンパク質複合体間相互作用評価プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、タンパク質複合体間相互作用評価装置、およびタンパク質複合体間相互作用評価方法
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
酒井 昭徳
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-150672
公開番号（公開出願番号）：特開2007-323209
出願日： 2006年05月30日
公開日（公表日）： 2007年12月13日
要約：
【課題】タンパク質複合体間において、効率的かつ高精度に相互作用属性の妥当性評価をおこなうこと。【解決手段】タンパク質複合体間相互作用評価装置200において、サブユニット化処理部201は、複合体ペア情報3300を入力情報とし、ファミリーDB210を参照することで、複合体ペア情報3300をサブユニット化する。GODB220とは、このタンパク質属性に関する情報を記憶するデータベースである。学習部202は、サブユニット化複合体ペア情報230を入力情報とし、GODB220を参照することで、予測ルール集合240を出力する。実行部204は、予測対象データ作成部203から得られる予測対象データ250を入力情報とし、予測ルール集合240を参照することで、あるサブユニットペアの相互作用属性の妥当性評価となる属性スコアを実行結果として算出する。【選択図】図2
請求項（抜粋）：
相互作用が働くタンパク質複合体ペアをあらわす複合体ペア情報の集合の中から、前記タンパク質複合体内の同一または類似する性質のタンパク質からなるサブユニットを抽出させるサブユニット抽出工程と、
前記タンパク質の属性を特定するタンパク質属性情報の集合の中から、前記サブユニット抽出工程によって抽出されたサブユニットに含まれているタンパク質のタンパク質属性情報の有無を検出させるタンパク質属性情報検出工程と、
前記タンパク質属性情報検出工程によって検出された各タンパク質属性情報の有無を前記サブユニットに含まれているタンパク質ごとに集約することにより、前記サブユニットの属性を特定するサブユニット属性情報を前記タンパク質属性情報ごとに生成させるサブユニット属性情報生成工程と、
前記相互作用を与える一方のタンパク質複合体内のサブユニットと前記相互作用を受ける他方のタンパク質複合体内のサブユニットとの組み合わせからなるサブユニットペアを網羅するように、前記サブユニット属性情報生成工程によって生成されたサブユニット属性情報の有無および前記相互作用を特定する相互作用属性情報からなる学習データを前記複合体ペア情報ごとに生成させる学習データ生成工程と、
前記学習データ生成工程によって生成された学習データの集合から得られる、前記サブユニット属性情報を条件とし前記相互作用属性情報を結論とするルールの集合の中から、前記相互作用が働くサブユニットペアが未知である予測対象タンパク質複合体ペアまたは前記相互作用が未知である予測対象タンパク質複合体ペアをあらわす予測対象複合体ペア情報に適用される予測ルールを抽出させる予測ルール抽出工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とするタンパク質複合体間相互作用評価プログラム。
IPC (5件)：
G06F 19/00
, G06Q 10/00
, G01N 33/48
, G01N 33/53
, G01N 33/566
G06F19/00 600
, G06F19/00 100
, G01N33/48 Z
, G01N33/53 D
, G01N33/566
審査官引用 (2件)
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A protein interaction verification system based on a neural network algorithm
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Evaluation of Different Biological Data and Computational Classification Methods for Use in Protein
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