計算機上の仮想プロテインアレイによる蛋白質-リガンド相互作用の解析方法

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：鎌田文二 , 東尾正博 , 鳥居和久
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2002-270047
公開番号（公開出願番号）：特開2004-110262
出願日： 2002年09月17日
公開日（公表日）： 2004年04月08日
要約：

【課題】リガンドに結合し得る可能性のある蛋白質との比較により、相互作用特異性の有無を調べると共に、重大な副作用を引き起こす可能性のあるような非特異的な相互作用のないことについても調べられる計算機上の仮想プロテインアレイによる蛋白質・リガンド相互作用の解析方法とすることである。【解決手段】インターネットを介して蛋白質の立体構造データベースに接続されたコンピュータを設け、リガンドおよび仮想リガンドの前記計算プログラムに必要な立体構造情報を分子結合エネルギー計算プログラムのファイルに格納し、また受容体蛋白質群の立体構造データを前記分子結合エネルギー計算プログラムの指定ファイル内に格納し、これら立体構造データからシミュレートされた受容体蛋白質-リガンド複合体の結合エネルギー値を対応するリガンドと受容体蛋白質との関係から蛋白質-リガンド相互作用を評価する解析方法とする。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

分子結合エネルギー計算プログラムが構築され、かつインターネットを介して蛋白質の立体構造データベースに接続されたコンピュータを設け、低分子化合物である一つのリガンドの前記計算プログラムに必要な立体構造情報と、このリガンドに対し分子構造が類似する複数の仮想リガンドであって前記データベースから選択されるリガンド群の立体構造情報とを前記分子結合エネルギー計算プログラムの指定ファイル内に格納し、また前記一つのリガンドが対応する受容体蛋白質と結合した受容体蛋白質-リガンド複合体群の立体構造データを前記データベースから検索すると共に、検索された各立体構造データからリガンド部分を除いた受容体蛋白質群の立体構造データを前記分子結合エネルギー計算プログラムの指定ファイル内に格納し、これら格納された受容体蛋白質群および前記リガンド群の立体構造データから1つずつ組み合わされたデータに基づいてシミュレートされた受容体蛋白質-リガンド複合体の結合エネルギー値を全てのデータの組み合わせについて算出し、この結合エネルギー値と、対応するリガンドと受容体蛋白質との関係を評価することによって前記リガンドの各種受容体蛋白質に対する相互作用を解析することからなる計算機上の仮想プロテインアレイによる蛋白質-リガンド相互作用の解析方法。

IPC (4件)：

G06F19/00 , C12N15/09 , G01N33/48 , G06F17/60

FI (4件)：

G06F19/00 110 , G01N33/48 Z , G06F17/60 504 , C12N15/00 A

Fターム (8件)：

2G045AA40 , 2G045JA01 , 4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA01 , 4B024CA11 , 4B024HA11 , 4B024HA20

引用文献：

審査官引用 (4件)

Prediction of potential toxicity and side effect protein targets of a small molecule by a ligand-pro
Ligand-protein inverse docking and its potential use in the computer search of protein targets of a
構造プロテオミクスから創薬へのin silicoアプローチ

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