特許
J-GLOBAL ID：200903008507522382
遺伝子の制御因子の結合部位構造推定方法及びその装置
発明者：
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出願人/特許権者：
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代理人 (1件)：
清水 守
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願平11-160672
公開番号（公開出願番号）：特開2000-342257
出願日： 1999年06月08日
公開日（公表日）： 2000年12月12日
要約：
【要約】【課題】 エンハンサー又はプロモーターの内部構造を探究することにより、遺伝子の転写制御をより明確にすることができる遺伝子の制御因子の結合部位構造推定方法及びその装置を提供する。【解決手段】 遺伝子の制御因子の結合部位構造推定にあたり、遺伝子をコードしているコード領域15の上流域又は下流域にある転写因子となるタンパク質が結合するエンハンサー又はプロモーター11領域内の制御因子の結合部位12,13,14の制御構造を推定したい遺伝子を設定し、前記エンハンサー又はプロモーター11領域において上記遺伝子に関与する制御因子、もしくは仮説的に導入する制御因子の結合部位12,13,14について、その遺伝子座及びその他の遺伝子の発現の要因をパラメータとする計算モデルを構築し、この構築した計算モデルにより遺伝子の転写量を算出し、パラメータ探索アルゴリズムを使用して、実験で得られている前記設定された遺伝子の発現が得られるように計算モデルのパラメータを探索し、前記エンハンサー又はプロモーター11のマイクロストラクチャーを推定する。
請求項（抜粋）：
遺伝子の制御因子の結合部位構造推定方法において、(a)遺伝子をコードしているコード領域の上流域又は下流域にある転写因子となるタンパク質が結合するエンハンサー又はプロモーター領域内の制御因子の結合部位の制御構造を推定したい遺伝子を設定する工程と、(b)前記エンハンサー又はプロモーター領域において上記遺伝子に関与する制御因子、もしくは仮説的に導入する制御因子の結合部位について、その遺伝子座及びその他の遺伝子の発現の要因をパラメータとする計算モデルを構築する工程と、(c)該構築した計算モデルにより遺伝子の転写量を算出する工程と、(d)パラメータ探索アルゴリズムを使用して、実験で得られている前記設定された遺伝子の発現が得られるように計算モデルのパラメータを探索する工程と、(e)前記エンハンサー又はプロモーターのマイクロストラクチャーを推定する工程とを施すことを特徴とする遺伝子の制御因子の結合部位構造推定方法。
IPC (2件)：
C12N 15/09
, G06F 15/18 550
C12N 15/00 A
, G06F 15/18 550 C
