特許

J-GLOBAL ID：200903015940834956

シグナル伝達経路の決定

発明者： オリナー ジョナサン ディ. ,  ハブル アール
出願人/特許権者： アフィメトリックス インコーポレイテッド
代理人 (1件)： 清水 初志 (外1名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-075342
公開番号（公開出願番号）：特開2003-245072
出願日： 1999年11月03日
公開日（公表日）： 2003年09月02日
要約：

【要約】【課題】 本発明の1つの目的は、遺伝子の機能的メディエーターの候補を決定する方法を提供することである。【解決手段】 遺伝子発現プロファイルからのシグナル伝達ネットワークの再構成を可能とする実験および解析方法。1)個々の遺伝子を実験的に操作すること、2)細胞の発現プロファイルを作成すること、および3)これらのプロファイル間の共通パターンに関して解析することによって、シグナル伝達経路のリバース・エンジニアリングを行うことができる。プロファイル間のパターンの解析によって、遺伝子およびそれらの産物の間の経路および相互関係のネットワークの再構築が可能となる。

請求項（抜粋）：

以下の段階を含む、選択された遺伝子の機能的メディエーターの経路を同定する方法:a.同一細胞の2つの集団のうち第1の集団における第1の選択された遺伝子の発現を変化させる段階、b.細胞の2つの集団における遺伝子の第1のセットの発現レベルを比較する段階、c.細胞の2つの集団の間で発現レベルが異なる、該第1のセット内の遺伝子を同定する段階であって、同定された遺伝子が第1の選択された遺伝子の機能的メディエーターの候補セットを形成する段階、d.細胞の第3および第4の集団の一方において第2の選択された遺伝子の発現を変化させる段階であって、第3および第4の集団が同一細胞を含む段階、e.細胞の第3および第4の集団における遺伝子の第2のセットの発現レベルを比較する段階、f.細胞の第3および第4の集団の間で発現レベルが異なる、該第2のセット内の遺伝子を同定する段階であって、同定された遺伝子が第2の選択された遺伝子の機能的メディエーターの候補遺伝子のセットを形成する段階、g.第1および第2の選択された遺伝子に関して同定された機能的メディエーターの候補を比較する段階であって、選択された双方の遺伝子の機能的メディエーターの候補として同定された遺伝子によって第1および第2の選択された遺伝子が共通の経路の構成要素であることが示唆され、選択された双方の遺伝子の機能的メディエーターの候補を同定できないことによって2つの選択された遺伝子が異なる経路にあることが示唆され、第1の選択された遺伝子の機能的メディエーターの候補のセットが第2の選択された遺伝子の機能的メディエーターの候補のセットのサブセットとして同定されることによって第1の選択された遺伝子が経路内で第2の選択された遺伝子の下流にあることが示唆され、第1および第2の選択された遺伝子の機能的メディエーターの候補のセットが共通のメンバーを含む場合に、機能的メディエーターの候補の2つのセットの一方のみに同定された機能的メディエーターの候補が、選択された一方の遺伝子の経路内で選択された他方の遺伝子の経路との収束点よりも上流にあるものとして同定される段階。

IPC (2件)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/68

FI (2件)：

C12Q 1/68 A ,  C12N 15/00 A

Fターム (21件)：

4B024AA11 ,  4B024AA20 ,  4B024CA01 ,  4B024CA11 ,  4B024CA12 ,  4B024DA02 ,  4B024HA12 ,  4B063QA08 ,  4B063QA13 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QQ53 ,  4B063QR77 ,  4B063QR80 ,  4B063QR82 ,  4B063QS03 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QS36 ,  4B063QS39 ,  4B063QX02