DNA-プローブの中のシトシン-メチル化の検出方法

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：荒井鐘司 (外2名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2001-561768
公開番号（公開出願番号）：特表2003-525041
出願日： 2001年02月23日
公開日（公表日）： 2003年08月26日
要約：

【要約】本発明は、ゲノムDNA-プローブの中のシトシン-メチル化およびSNPsの同時検出に特に適している方法を提供することである。【解決手段】ゲノムDNA-プローブの中の5-メチルシトシンの検出方法であって、(a)DNA-プローブからゲノムDNAを試薬で化学的に置換し、その際に5-メチルシトシンとシトシンとが様々に反応し、これらがそれによって反応後にDNA二重体の中で様々な塩基対挙動を示すステップと(b)ポリメラーゼと、プライマーとして少なくとも1個のオリゴヌクレオチド(A型)との使用下に前処理したDNAを増幅するステップと(c)増幅したゲノムDNAを少なくとも1個のオリゴヌクレオチド(B型)で二重体の形成下にnヌクレオチドの既知の配列によってハイブリッドし、前記のハイブリッドしたB型のオリゴヌクレオチドをその第3’-末端で部分的または完全に、そのメチル化に関してゲノムDNA-プローブの中で調査するべき位置にハイブリッドするステップと(d)オリゴヌクレオチド(B型)がその第3’末端であらかじめ塩基欠損対なしに調査するべき位置にハイブリッドした場合に、前記オリゴヌクレオチドが少なくとも1個のヌクレオチド分だけポリメラーゼによって伸長され、その際に少なくとも1個のヌクレオチドが検出可能の標識を有し、この伸長がゲノムDNA-プローブの中の各シトシンのメチル化状態に依存するステップと(e)伸長したオリゴヌクレオチドが標識の存在について調査されるステップとが実施されることを特徴とする方法。

請求項（抜粋）：

ゲノムDNA-プローブの中の5-メチルシトシンの検出方法であって、 (a)DNA-プローブからゲノムDNAを試薬で化学的に置換し、その際に5-メチルシトシンとシトシンとが様々に反応し、これらがそれによって反応後にDNA二重体の中で様々な塩基対挙動を示すステップと (b)ポリメラーゼと、プライマーとして少なくとも1個のオリゴヌクレオチド(A型)との使用下に前処理したDNAを増幅するステップと (c)増幅したゲノムDNAを少なくとも1個のオリゴヌクレオチド(B型)で二重体の形成下にnヌクレオチドの既知の配列によってハイブリッドし、前記のハイブリッドしたB型のオリゴヌクレオチドをその第3’-末端で部分的または完全に、そのメチル化に関してゲノムDNA-プローブの中で調査するべき位置にハイブリッドするステップと (d)オリゴヌクレオチド(B型)がその第3’末端であらかじめ塩基欠損対なしに調査するべき位置にハイブリッドした場合に、前記オリゴヌクレオチドが少なくとも1個のヌクレオチド分だけポリメラーゼによって伸長され、その際に少なくとも1個のヌクレオチドが検出可能の標識を有し、この伸長がゲノムDNA-プローブの中の各シトシンのメチル化状態に依存するステップと (e)伸長したオリゴヌクレオチドが標識の存在について調査されるステップとが実施されることを特徴とする方法。

IPC (8件)：

C12N 15/09 ZNA , C12Q 1/34 , C12Q 1/48 , C12Q 1/68 , G01N 27/62 , G01N 33/483 , G01N 33/566 , G01N 33/58

FI (8件)：

C12Q 1/34 , C12Q 1/48 Z , C12Q 1/68 A , G01N 27/62 V , G01N 33/483 E , G01N 33/566 , G01N 33/58 A , C12N 15/00 ZNA A

Fターム (33件)：

2G045DA12 , 2G045DA13 , 2G045DA14 , 2G045FA34 , 2G045FB02 , 2G045FB07 , 2G045FB08 , 2G045FB12 , 4B024AA11 , 4B024CA03 , 4B024CA09 , 4B024CA20 , 4B024HA08 , 4B024HA09 , 4B024HA14 , 4B024HA20 , 4B063QA01 , 4B063QQ03 , 4B063QQ08 , 4B063QQ62 , 4B063QR08 , 4B063QR14 , 4B063QR31 , 4B063QR56 , 4B063QR62 , 4B063QR66 , 4B063QR82 , 4B063QS25 , 4B063QS34 , 4B063QS36 , 4B063QX02 , 4B063QX07 , 4B063QX10

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