質量分析法に基づくプロテオームデータベース調査による微生物同定のための方法およびシステム

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：原謙三 (外3名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2001-577506
公開番号（公開出願番号）：特表2003-530858
出願日： 2001年04月11日
公開日（公表日）： 2003年10月21日
要約：

【要約】マトリックス補助されたレーザ脱着/イオン化質量スペクトルにおけるピークと、プロテオームデータベースにおけるタンパク質との誤整合の分布を予想する統計的なモデルが得られ、確認される。煩雑かつ不完全であるというデータの性質上、大量の候補微生物からの真に正確な微生物の同定において、単純なランキングや単純な仮説検証は不十分となりがちである。微生物同定の正確さを増すために、プロテオームデータベースは、全てのタンパク質ではなく、特定のタンパク質の集まりに関連するものを含むことに限定される。プロテオームデータベースからデータを削除することによって、上記モデルはより確かなものとなる。言い換えれば、誤整合の数が減少する。

請求項（抜粋）：

未知のソースのスペクトルピークと既知の微生物のスペクトルピークとの間に見られる誤整合の確率を決定するためのシステムにおいて、既知の微生物のデータが蓄積されているプロテオームデータベースと、上記プロテオームデータベースを使用して既知の微生物のスペクトルピークを決定する処理モジュールと、未知のソースのスペクトルピークを、上記既知の微生物について処理モジュールによって決定されたスペクトルピークと比較し、既知の微生物のスペクトルピークに整合する上記未知のソースのスペクトルの数に基づいて上記未知のソースのスコアを得るスコアリングアルゴリズムと、上記得られたスコアと上記既知の微生物に相当するプロテオームとを少なくとも使用して、上記未知のソースのスペクトルピークと上記既知の微生物のスペクトルピークとの間において誤整合が見られる確率を決定する確率モジュールとを含んでなることを特徴とするシステム。

IPC (3件)：

C12Q 1/04 , G01N 27/62 , G01N 33/48

FI (4件)：

C12Q 1/04 , G01N 27/62 D , G01N 27/62 V , G01N 33/48 Z

Fターム (9件)：

2G045AA28 , 2G045CB21 , 2G045DA36 , 2G045FB20 , 2G045JA01 , 4B063QA18 , 4B063QQ79 , 4B063QS40 , 4B063QX10

前のページに戻る