特許
J-GLOBAL ID：200903025638570635
生物学的な配列情報処理装置
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (3件)：
大野 聖二
, 森田 耕司
, 田中 玲子
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-021576
公開番号（公開出願番号）：特開2004-234297
出願日： 2003年01月30日
公開日（公表日）： 2004年08月19日
要約：
【課題】塩基配列、アミノ酸配列等の生物学的配列情報の解析処理を高速化する。【解決手段】コンパレータ28は、配列情報を参照配列と並列照合処理により比較する。配列処理制御部30は、コンパレータ28を制御し、参照配列をコンパレータ28に供給し、比較結果をコンパレータ28から取得する。配列処理制御部30は、参照配列の一部に相当する部位にワイルドカードが設定された並列照合処理をコンパレータ28に行わせて、配列情報の処理結果を得る。配列処理制御部30は、一部にワイルドカードが設定された参照配列をコンパレータに提供する。ワイルドカードが設定された参照配列を使って、類似性検索が行われる。アミノ酸種類に対応する塩基が不特定な部位にワイルドカードが設定された参照配列を使ってアミノ酸配列コード領域が検索される。【選択図】 図4
請求項（抜粋）：
塩基配列、アミノ酸配列等の多数の配列要素の配列情報を処理する生物学的配列情報処理装置であって、
前記配列情報が書き込まれ、前記配列情報を参照配列と並列照合処理により比較するコンパレータと、
前記コンパレータを制御して、前記参照配列を前記コンパレータに供給し、比較結果を前記コンパレータから取得する制御手段と、
を含み、
前記制御手段は、参照配列の一部に相当する部位にワイルドカードが設定された並列照合処理を前記コンパレータに行わせて、前記配列情報の処理結果を得ることを特徴とする生物学的配列情報処理装置。
IPC (3件)：
G06F17/30
, C12N15/09
, G01N33/48
G06F17/30 170F
, G06F17/30 350C
, G01N33/48 Z
, C12N15/00 A
2G045AA34
, 2G045AA40
, 2G045JA01
, 4B024AA20
, 4B024CA04
, 4B024HA19
, 5B075PR06
, 5B075QM02
, 5B075QM05
, 5B075QS06
, 5B075UU19
審査官引用 (2件)
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特開平4-320700
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ナイセリアゲノム配列およびそれらの使用方法
公報種別：公表公報
出願番号：特願2000-615413
出願人：カイロンコーポレイション, ザ・インスティテュート・フォー・ジェノミック・リサーチ
引用文献：
審査官引用 (1件)
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テキスト検索プロセッサ, 19911225, 第1版, pp.105-110
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