蛋白質相互作用予測方法及び該予測プログラムを担持した記録媒体

発明者： ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (3件)：庄司隆 , 資延由利子 , 古館久丹子
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-423539
公開番号（公開出願番号）：特開2004-203880
出願日： 2003年12月19日
公開日（公表日）： 2004年07月22日
要約：

【課題】蛋白質間相互作用の予測方法、該予測プログラムを担持する記録媒体、及び該記録媒体を担持する予測装置、並びにこれらにより得られた蛋白質に関する。【解決手段】(1)蛋白質Aのアミノ酸配列をある長さのオリゴペプチドに分解し、(2)前記オリゴペプチドを持った蛋白質Cを、又は前記オリゴペプチドと相同なオリゴペプチドを持った蛋白質Dを、蛋白質データベース中で検索し、(3)前記蛋白質Aと検出された蛋白質C又はDとの間でローカルアライメントを行い、(4)ローカルアライメントの結果及び蛋白質データベースからアミノ酸の頻度あるいはオリゴペプチドの頻度から計算される数値を指標とすることによって、検索された蛋白質C又はDが蛋白質Aと相互作用を有する蛋白質Bであると予測する【選択図】図5

請求項（抜粋）：

特定の蛋白質もしくはポリペプチド(A)と相互作用する蛋白質もしはポリペプチド(B)を予測する方法であって、 (1)Aのアミノ酸配列をある長さの複数個のオリゴペプチドに配列情報として分解し、 (2)前記各オリゴペプチドのアミノ酸配列を持った蛋白質もしくはポリペプチド(C)を、又は前記オリゴペプチドのアミノ酸配列と相同なアミノ酸配列を持った蛋白質もしくはポリペプチド(D)を、蛋白質もしくはポリペプチドのアミノ酸配列のデータベース中で検索し、 (3)前記Aと検出されたC又はDとの間でアミノ酸配列についてのローカルアライメントを行い、 (4)ローカルアライメントの結果、及び蛋白質もしくはポリペプチドのアミノ酸配列のデータベースにおけるアミノ酸の頻度及び/又はオリゴペプチドの頻度から計算される数値を指標として、検出されたC及び/又はDを、Aと相互作用する蛋白質もしくはポリペプチド(B)であると予測する、ことを特徴とする蛋白質間相互作用の予測方法。

IPC (12件)：

C07K7/06 , A61K38/00 , A61K45/00 , A61P25/28 , A61P31/18 , A61P39/02 , A61P43/00 , G01N33/48 , G01N33/53 , G01N33/566 , G06F17/30 , G06F19/00

FI (13件)：

C07K7/06 , A61K45/00 , A61P25/28 , A61P31/18 , A61P39/02 , A61P43/00 105 , A61P43/00 111 , G01N33/48 Z , G01N33/53 D , G01N33/566 , G06F17/30 170F , G06F19/00 600 , A61K37/02

Fターム (27件)：

2G045DA36 , 2G045FB03 , 2G045JA01 , 4C084AA02 , 4C084AA06 , 4C084AA17 , 4C084BA01 , 4C084BA08 , 4C084BA16 , 4C084BA23 , 4C084CA18 , 4C084CA59 , 4C084DC50 , 4C084NA14 , 4C084ZA161 , 4C084ZB011 , 4C084ZB211 , 4C084ZC372 , 4C084ZC411 , 4C084ZC412 , 4C084ZC551 , 4H045AA10 , 4H045AA30 , 4H045BA13 , 4H045EA28 , 4H045EA50 , 5B075UU18

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