タンパク質の機能を予測するための方法およびシステム

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：平木祐輔 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-566458
公開番号（公開出願番号）：特表2002-523057
出願日： 1999年05月27日
公開日（公表日）： 2002年07月30日
要約：

【要約】本発明は、タンパク質の生物学的機能を予測するための方法およびシステムに関する。本発明は、個別のタンパク質の生物学的機能についての機能部位ディスクリプタの開発をベースとするものである。機能部位ディスクリプタは、三次元空間におけるタンパク質機能部位の幾何学的表現であり、追加のパラメーター、例えばコンホメーション情報も含み得る。機能部位ディスクリプタを開発した後、1種以上の該ディスクリプタ(1種以上の異なる生物学的機能についてのディスクリプタ)を用いてタンパク質構造を調べて、かかる構造が対応する機能部位ディスクリプタによって記述された機能部位を含むかどうかを決定する。含む場合には、該機能部位を含むタンパク質は、対応する生物学的機能を有するものと予測される。好ましい実施形態では、アミノ酸配列から計算法により導き出された不正確なタンパク質構造を機能部位ディスクリプタのライブラリを用いて調べることにより、かかる配列および該配列をコードする遺伝子の生物学的機能を予測する。

請求項（抜粋）：

タンパク質における2価金属イオン結合部位以外の生物学的機能に対応する機能部位の空間的配置を定義する機能部位ディスクリプタであって、タンパク質の不正確な三次元構造モデルに適用することによって、該タンパク質が該機能部位ディスクリプタにより定義される機能部位に対応する生物学的機能を有するかどうかを決定するためのものであり、タンパク質における2価金属イオン結合部位以外の機能部位を構成する2個以上のアミノ酸残基の各残基に含まれる1個以上の原子についての幾何学的制約条件のセットを含んでなり、ここで該2個以上のアミノ酸残基の少なくとも1個は特定のアミノ酸残基またはアミノ酸残基のセットとして同定され、該1個以上の原子は、ポリペプチド骨格内のアミド窒素、α-炭素、カルボニル炭素およびカルボニル酸素、アミノ酸残基のβ-炭素、ならびに擬似原子からなる群より選択され、該1個以上の原子の少なくとも1個は、ポリペプチド骨格内のアミド窒素、α-炭素、β-炭素、またはカルボニル酸素である、機能部位ディスクリプタ。

IPC (6件)：

C12Q 1/02 , G01N 33/48 , G01N 33/68 , G06F 17/30 170 , G06F 19/00 100 , C07K 1/00

FI (6件)：

C12Q 1/02 , G01N 33/48 Z , G01N 33/68 , G06F 17/30 170 F , G06F 19/00 100 , C07K 1/00

Fターム (20件)：

2G045AA40 , 2G045DA36 , 2G045FA36 , 2G045JA01 , 2G045JA20 , 4B063QA05 , 4B063QA18 , 4B063QQ21 , 4B063QS39 , 4H045AA20 , 4H045AA30 , 4H045AA50 , 4H045BA10 , 4H045CA01 , 4H045CA11 , 4H045CA30 , 4H045CA40 , 4H045DA89 , 5B075ND20 , 5B075UU18

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