スプライシングバリアントの特定方法

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：谷川英次郎
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-368422
公開番号（公開出願番号）：特開2005-135053
出願日： 2003年10月29日
公開日（公表日）： 2005年05月26日
要約：

【課題】既知遺伝子のスプライシングバリアントを特定する方法を提供すること。【解決手段】 (1)既知遺伝子ごとの転写産物の塩基配列断片のデータをデータベースから集める、(2)ゲノムデータベースより該既知遺伝子の配列を切り出し、参照配列とする、 (3)転写産物の塩基配列断片を参照配列に相同性検索し、ヒットした配列をゲノム配列上にマッピングする、(4)得られた配列断片の集まりの中の、2つの配列を比較し、ゲノム位置が一致し、かつ方向が一致し、かつ一方の配列のエキソンと他方の配列のイントロンがゲノム上の位置で重複する部分がない場合には、2つの配列は同一のスプライシング産物とみなし、マージしてひとつの配列とする、(5)マージした配列と次の別の配列に対して以上の操作を繰り返し、すべての配列断片に対して以上の操作を繰り返す、(6) 最後までマージされない配列はスプライシングバリアントと特定する。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

(1) 既知遺伝子ごとの転写産物の塩基配列断片のデータをデータベースから集めるステップ、 (2) ゲノムデータベースより該既知遺伝子の配列を切り出し、参照配列とするステップ、 (3) 転写産物の塩基配列断片を参照配列に相同性検索し、ヒットした配列をゲノム配列上にマッピングするステップ、 (4) 得られた配列断片の集まりの中の、2つの配列を比較し、ゲノム位置が一致し、かつ方向が一致し、かつ一方の配列のエキソンと他方の配列のイントロンがゲノム上の位置で重複する部分がない場合には、2つの配列は同一のスプライシング産物とみなし、マージしてひとつの配列とするステップ、 (5) マージした配列と次の別の配列に対して以上の操作を繰り返し、すべての配列断片に対して以上の操作を繰り返すステップ、 (6) 最後までマージされない配列はスプライシングバリアントと特定するステップ、を含むスプライシングバリアントの特定方法。

IPC (4件)：

G06F19/00 , C12N15/09 , C12Q1/68 , G06F17/30

FI (4件)：

G06F19/00 600 , C12Q1/68 Z , G06F17/30 170F , C12N15/00 A

Fターム (19件)：

4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA01 , 4B024CA11 , 4B024HA11 , 4B024HA19 , 4B024HA20 , 4B063QA11 , 4B063QA13 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QQ79 , 4B063QR32 , 4B063QR35 , 4B063QR40 , 4B063QS31 , 4B063QS39 , 5B075ND20 , 5B075UU19

引用文献：

出願人引用 (2件)

Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
PALS db: Putative Alternative Splicing database

審査官引用 (5件)

Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs

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