特許
J-GLOBAL ID：200903039956750902
生物学的チップ上の核酸プローブアレー
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
石田 敬 (外3名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願平7-512811
公開番号（公開出願番号）：特表平9-507121
出願日： 1994年10月26日
公開日（公表日）： 1997年07月22日
要約：
【要約】本発明は、固定化プローブのチップ、及び既知の配列の対照ポリヌクレオチド配列を、その対照配列と実質的類似性を示すが、例えば突然変異の存在で異なる標的配列と対比させるためのこのチップの利用方法を提供する。
請求項（抜粋）：
一般のタイル貼りの請求項 1.固相支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドプローブのアレーであって、少なくとも2セットの以下のオリゴヌクレオチドプローブを含んで成り、 (1)複数のプローブを含んで成る第1プローブセット:各プローブは対照配列のサブ配列に対してまさに相補性である少なくとも3つのヌクレオチドのセグメントを含んで成り、このセグメントは対照配列の対応ヌクレオチドに対して相補性である少なくとも1の疑問位を含む; (2)前記第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成る第2プローブセット:この第2プローブセットにおけるこの対応プローブは、この第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又は少なくとも1の疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その少なくとも1の疑問位が前記第1及び第2プローブ由来の2つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一である; ここで前記第1プローブセットにおけるプローブは前記対照配列における2つの連続ヌクレオチドのそれぞれに各々が対応する少なくとも2つの疑問位を有している; 前記アレー。 2.固相支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドプローブのアレーであって、少なくとも4セットの以下のオリゴヌクレオチドプローブを含んで成り、 (1)複数のプローブを含んで成る第1プローブセット:各プローブは対照配列のサブ配列に対してまさに相補性である少なくとも3つのヌクレオチドのセグメントを含んで成り、このセグメントは対照配列の対応ヌクレオチドに対して相補性である少なくとも1の疑問位を含む; (2)前記第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成る第2、第3及ひ第4プローブセット、この第2、第3及び第4プローブセットにおけるこれらのプローブは、この第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又は少なくとも1の疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その少なくとも1の疑問位が前記第4組のプローブセット由来の4つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一である; 前記アレー。 3.前記第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成る第5プローブセットを更に含んで成り、前記第5プローブセット由来の対応プローブは、前記第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又はその少なくとも1の疑問位を含む、少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、前記第5プローブセット由来の対応プローブにおいて前記少なくとも1の疑問位が欠失していることを除き、同一である、請求項2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 4.前記第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成る第6プローブセットを更に含んで成り、前記第6プローブセット由来の対応プローブは、前記第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又はその少なくとも1の疑問位を含む少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、前記第1プローブセットの由来の対応プローブにおけるその少なくとも1の疑問位の隣りに追加のヌクレオチドが挿入されていることを除き、同一である、請求項2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 5.前記第1プローブセットが、前記対照配列における3連続ヌクレオチドのそれぞれに対して各々が対応する少なくとも3の疑問位を有している、請求項2記載のアレー。 6.前記第1プローブセットが、前記対照配列における50連続ヌクレオチドのそれぞれに対して各々が対応する少なくとも50の疑問位を含んでいる、請求項2記載のアレー。 7.前記第1プローブセットが、前記対照配列における100連続ヌクレオチドのそれぞれに対して各々が対応する少なくとも100の疑問位を有している、請求項1又は2記載のアレー。 8.前記第1プローブセットが、対照配列のヌクレオチドのうちの少なくとも30%のヌクレオチドのそれぞれに対応する疑問位を有し、そして前記対照配列が少なくとも100のヌクレオチドを含んで成る、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 9.前記第1プローブセットが、前記対照配列を完璧に包括する複数のプローブを含んで成り、これらのプローブは前記対照配列との関係で、配列において互いと重複し合っている、請求項8記載のオリゴヌクレオチドプローブ。 10.前記第1プローブセットが、前記対照配列の各ヌクレオチドに対応する疑問位を有している、請求項9記載のオリゴヌクレオチドアレー。 11.前記プローブがオリゴデオキシリボヌクレオチドである、請求項10記載のオリゴヌクレオチドアレー。 12.前記アレーが100〜10,000のプローブを含んで成る、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 13.前記アレーが10,000〜100,000のプローブを含んで成る、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 14.前記アレーが100,000〜10,000,000のプローブを含んで成る、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 15.前記プローブがスペーサーを介して前記支持体に連結されている、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 16.前記対照配列のサブ配列にまさに相補性である前記第1プローブセットの各プローブにおけるセグメントが9〜21ヌクレオチドである、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 17.前記セグメントがnヌクレオチドの長さであり、そして前記サブ配列が少なくともn-2ヌクレオチドの長さである、請求項16記載のオリゴヌクレオチドアレー。 18.前記第1プローブセットの各プローブが、前記対照配列のサブ配列にまさに相補性であるセグメントより成る、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 19.前記第2、第3及び第4プローブセットのプローブが、前記第1プローブセット由来の対応プローブと、その少なくとも1の疑問位が4組のプローブセット由来の4つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一である、請求項1又は2記載のオリゴヌクレオチドアレー。 20.第5、第6及び第7プローブセットを更に含んで成り、ここで、前記第1セットにおける各プローブのセグメントは、前記対照配列のヌクレオチドにそれぞれが対応する少なくとも2の疑問位を含み; この第2、第3及び第4プローブセットはそれぞれ前記第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成る、この第2、第3及び第4プローブセットにおけるこれらの対応プローブは、この第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又は第1疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その第1疑問位がこの4組のプローブセット由来の4つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一であり; この第5、第6及び第7プローブセットはそれぞれの前記第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成り、この第5、第6及び第7プローブセットにおけるこれらのプローブは、この第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又は第2疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その第2疑問位がこの4組のプローブセット由来の4つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一である; 請求項2記載のアレー。 21.前記第1プローブセットの各プローブが、前記対照配列の第2サブ配列にまさに相補性である少なくとも3ヌクレオチドの第2セグメントを更に含んで成り、そして前記第2、第3及び第4プローブセット由来のプローブは、第1プローブセット由来の対応プローブ又は少なくとも1の疑問位を除き前記第1及び第2セグメントを含んで成るそのサブ配列を含んで成る、請求項2記載のアレー。 22.1又は2つの位置を除き、前記対照配列のサブ配列に対してまさに相補性である少なくとも7ヌクレオチドのセグメントを含んで成る少なくとも1のプローブを含んで成る第5プローブセット:ここでこのセグメントは前記1又は2つの位置ではない前記対照配列のヌクレオチドに対応する少なくとも1の疑問位を含む; 前記第5プローブセットにおける各プローブに対するプローブをそれぞれが含んで成る第6、第7及び第8プローブセット:ここでこの第6、第7及び第8プローブセット由来の対応プローブは第5プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又は少なくとも1の疑問位と前記1又は2つの位置とを含むその少なくとも9ヌクレオチドのサブ配列と、その少なくとも1の疑問位であって4つのプローブそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されている位置を除き、同一である; を更に含んで成る請求項2記載のアレー。 23.前記第1プローブセットが前記プローブと前記対照配列との重複を反映するような順序で前記支持体に一列で並ぶようにして前記プローブが支持体の上で配備されており、そして追加のプローブセットが前記第1セットのプローブとの関連で行で配備されており、これにより同一の疑問位を有するプローブは同一の行に収まり、そして各行が少なくとも4つのプローブを含んで成るようになっている、請求項2記載のアレー。 24.前記プローブが長さ12〜17ヌクレオチドである、請求項2記載のアレー。 25.前記プローブが長さ15ヌクレオチドであり、そして前記プローブの3′末端上の部位に対する共有結合により付加されており、そして前記疑問位が前記プローブの3′末端に対して7位に位置している、請求項2記載のアレー。 26.第5、第6、第7及び第8プローブセットを更に含んで成り、 (1)第5プローブセットは複数のプローブを含んで成り、各プローブは第2対照配列のサブ配列に対してまさに相補性である少なくとも3ヌクレオチドのセグメントを含んで成り、前記セグメントが前記対照配列の対応ヌクレオチドに対して相補性である少なくとも1の疑問位を含み; (2)第6、第7及び第8プローブセットはそれぞれ前記第5プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成り、前記第6、第7及び第8プローブセットのプローブは、前記第5プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又はその少なくとも1の疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その少なくとも1の疑問位が、第5、第6、第7及び第8プローブセット由来の4つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一である; 請求項2記載のアレー。 27.前記第1、第2、第3及び第4プローブセットが第1の長さのプローブを有しており、そして前記第5、第6、第7及び第8プローブセットがその第1の長さとは異なる第2の長さのプローブを有する、請求項22記載のアレー。野生型及び突然変異対照配列についてのタイル貼り 28.固相支持体上に固定されたオリゴヌクレオチドプローブのアレーであって、前記アレーが第1及び第2プローブグループの少なくとも1のペアーを含んで成り、各グループが請求項1に規定するオリゴヌクレオチドプローブの第1及び第2セットを含んで成り; ここで前記第1グループ由来の第1プローブセットの各プローブは第1対照配列のサブ配列に対してまさに相補性であり、そして前記第2グループ由来の第1プローブセットの各プローブは第2対照配列のサブ配列に対してまさに相補性である、 アレー。 29.前記第2対照配列が第1対照配列の突然変異形態である、請求項28記載のアレー。 30.各グループが第3及び第4プローブセットを含んで成り、それぞれが第1プローブセットにおける各プローブに対する対応プローブを含んで成り、この第2、第3及び第4プローブセットのプローブは、この第1プローブセット由来の対応プローブを含んで成る配列又はその疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その疑問位がこの4組のプローブセット由来の4つの対応プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一である、請求項28記載のアレー。 31.少なくとも5ペアーの第1及び第2プローブグループを含んで成り、ここでこれら5ペアーの第1グループ由来の第1プローブセットにおけるプローブは、5種類の異なる関連第1対照配列由来のサブ配列とまさに相補性である、請求項30記載のアレー。 32.少なくとも40ペアーの第1及び第2プローブグループを含んで成り、ここでこれら40ペアーの第1グループ由来の第1プローブセットにおけるプローブは、40種類の関連第1対照配列由来のサブ配列とまさに相補性である、請求項30記載のアレー。ブロックタイル貼り 33.固相支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドプローブのアレーであって、少なくとも以下のプローブのグループを含んで成るアレー: 対照配列のサブ配列に対してまさに相補性である少なくとも3ヌクレオチドのセグメントを含んで成る野生型プローブ:このセグメントはこの対照配列の第1及び第2ヌクレオチドに対応する少なくとも第1及び第2疑問位を有する; 3つの突然変異プローブの第1セット:それぞれは前記野生型プローブを含んで成る配列又は前記第1及び第2疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その第1疑問位であって前記3つの突然変異プローブ及び野生型プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されている位置を除き、同一である; 3つの突然変異プローブの第2セット:それぞれは前記野生型プローブを含んで成る配列又は前記第1及び第2疑問位を含むその少なくとも3ヌクレオチドのサブ配列と、その第2疑問位であって前記3つの突然変異プローブ及び野生型プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されている位置を除き、同一である。 34.前記野生型プローブのセグメントが、前記対照配列に3〜20の関連ヌクレオチドに対応する3〜20の疑問位を含んで成り、そして前記アレーが3つの突然変異プローブの3〜20の関連セットを含んで成り、これらの3つのプローブはそれぞれ野生型プローブを含んで成る配列又はこの3〜20の疑問位を含むそのサブ配列と、その3〜20の疑問位の1つがこれらの3つの突然変異プローブ及び野生型プローブのそれぞれにおいて異なるヌクレオチドにより占拠されていることを除き、同一であり、その3〜20の疑問位の1つはこれら3つの突然変異プローブの3〜20の関連セットのそれぞれにおいて異なっている、請求項23記載のアレー。 35.2組のプローブグループを含んで成る固相支持体に固定化されたプローブのアレーであって、各グループは請求項33により規定されている通りであり、第1グループは第1対照配列のサブ配列に対してまさに相補性であるセグメントを含んで成る野生型プローブを含んで成り、そして第2グループは第2対照配列のサブ配列に対してまさに相補性であるセグメントを含んで成る野生型プローブを含んで成る、アレー。 36.少なくとも10〜100組のプローブグループを含んで成り、それぞれは少なくとも10〜100の関連対照配列のサブ配列にまさに相補性であるセグメントを含んで成る野生型プローブを含んで成る、請求項35記載のアレー。プール化プローブ 37.標的配列を対照配列と対比させる方法であって: 対照配列とは少なくとも1のヌクレオチドで異なる対照配列変異体を同定する、 各変異体に表示を割り当てる; プローブのプールアレーを用意する、各プールはアレーの個別のセルを占拠しており、ここで各プールは特定の表示の割り当てられた各変異配列に対してまさに相補性であるセグメントを含んで成り; 前記アレーを前記対照配列変異体を含んで成る標的配列と接触させる; 前記標的配列に対する前記アレーにおける前記プールの相対ハイブリダイゼーション強度を決定する; 前記プールの相対ハイブリダイゼーション強度から前記標的配列を決定する; ことを含んで成る方法。 38.前記変異体が、エラーコードに従って割り当てられた番号である、請求項37記載の方法。 39.前記変異体に、少なくとも1のアラビア数字及びそのアラビア数字についての少なくとも1の値を有する表示を割り当て、そして各プールが、特定のアラビア数字の特定の値が割り当てられている各変異配列に対してまさに相補性であるセグメントを含んで成るプローブを含んで成る、請求項33記載の方法。 40.前記変異体に、n個のアラビア数字を有する基数mの番号付け系の連続番号が割り当てられており、そして前記アレーがn×(m-1)のプローブプールを含んで成る、請求項39記載の方法。 41.各プールが、前記対照配列に対してまさに相補性であるセグメントを含んで成るプローブを含んで成る、請求項40記載の方法。格子タイル貼り 42.プールヌクレオチドNにより第1疑問位が占拠されていることを除き対照配列のサブ配列にまさに相補性であるセグメントを含んで成るプールプローブであって、第2疑問位が(1)M又はK、(2)R又はY及び(3)S又はWより成る3つの群から選ばれるプールヌクレオチドにより占拠されており、そして第3疑問位がその群から選ばれる第2プールヌクレオチドにより占拠されており、ここで、この第2疑問位を占拠しているプールヌクレオチドはその第2プールプローブと対照配列とを最大に整合させるときにその対照配列由来の対応のヌクレオチドに相補性であるヌクレオチドで含んで成り、そしてこの第3疑問位を占拠している3プールヌクレオチドはその第3プールプローブと対照配列とを最大に整合させたときにその対照配列由来の対応のヌクレオチドに相補性であるヌクレオチドを含んで成り、 ここでNはA,C,G又はT(U)、KはG又はT(U)、MはA又はC、RはA又はG、YはC又はT(U)、WはA又はT(U)、そしてSはG又はCである、プールプローブ。 43.固相支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドプローブのアレーであって: それぞれが第1、第2及び第3プールプローブにより占拠されている第1、第2及び第3セル:各プールプローブは第1疑問位がプールヌクレオチドNにより占拠されていることを除き対照配列のサブ配列に対してまさに相補性であるセグメントを含んで成り、第2疑問位が(1)M又はK、(2)R又はY及び(3)S又はWより成る3つの群から選ばれるプールヌクレオチドにより占拠されており、そして第3疑問位がその群から選ばれる第2プールヌクレオチドにより占拠されており、ここで、この第2疑問位を占拠しているプールヌクレオチドはこのプールプローブと対照配列とを最大に整合させるときにその対照配列由来の対応のヌクレオチドに相補性であるヌクレオチドで含んで成り、そしてこの第3疑問位を占拠している3プールヌクレオチドはそのこのプールプローブと対照配列とを最大に整合させたときにその対照配列由来の対応のヌクレオチドに相補性であるヌクレオチドを含んで成り、 ただし、この3つのプールプローブそれぞれにおける3つの疑問位の1つは対照配列における同一の対応ヌクレオチドと整合されており、この疑問位はプールプローブの1つにおいてNにより占拠され、そして他の2つのプールプロ・・・
IPC (4件)：
C12Q 1/68 ZNA
, C07H 21/00
, C07H 21/04
, C12N 15/09
C12Q 1/68 ZNA A
, C07H 21/00
, C07H 21/04 Z
, C12N 15/00 A
