特許

J-GLOBAL ID：200903041356232112

配列検索方法および装置

発明者： 平岡 進 ,  永井 啓一 ,  西川 哲夫 ,  笠原 直子
出願人/特許権者： 株式会社日立製作所
代理人 (1件)： 小川 勝男
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願平6-247506
公開番号（公開出願番号）：特開平8-110909
出願日： 1994年10月13日
公開日（公表日）： 1996年04月30日
要約：

【要約】【目的】 DNA配列ならびにアミノ酸配列の検索を近似スコアを用いて高速に行い、しかもダイナミックプログラミング法による厳密なスコアに基づいてどの程度高いスコアの配列を選びだしたかを明確にする。【構成】 あらかじめ近似スコアとダイナミックプログラミング法によるスコアの間に統計的なモデルを立て、ある信頼係数が与えられた時にデータベース中の各配列に対して、モデルに基づいて近似スコアからダイナミックプログラミング法によるスコアの信頼区間の上限値を求める。この上限値の上位の配列から順番にデータベースの配列を表示する。【効果】 図1に表示されているスコア上限よりも高いスコアを持つ配列は検索からもれていないことが明確になる。

請求項（抜粋）：

ダイナミックプログラミング法によるスコアの近似値を算出することによって類似文字配列を検索する方法において、該近似値がダイナミックプログラミング法によるスコアの上限値であることを特徴とする配列検索方法。

IPC (4件)：

G06F 17/30 ,  C12Q 1/68 ,  G01N 33/50 ,  G01N 33/68