ゲノムDNA上の、配列コンテクスト5-CpG-3内の特定シトシンのメチル化度の定量方法

発明者： , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：荒井鐘司 , 河野尚孝 , 嶋崎英一郎
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2002-522537
公開番号（公開出願番号）：特表2004-516821
出願日： 2001年09月01日
公開日（公表日）： 2004年06月10日
要約：

本発明は、ゲノムDNA試料中の配列コンテクスト5’-CpG-3’における、特定のシトシンのメチル化度の定量方法に関する。【解決手段】ゲノムDNA試料の配列コンテクスト5’-CpG-3’にある特定のシトシンのメチル化度を検出する方法である。第1段階ではゲノムDNAが化学的に処理されるので、シトシン塩基はウラシルに変換されるが、5-メチルシトシン塩基は変換されない。次いで、前記特定のシトシンを含むゲノムDNAの一部が増幅され、その際、増幅産物は実証し得る標識を施され、次の段階で、2種類のオリゴヌクレオチッドへの増幅産物のハイブリッド形成の程度が、増幅産物の標識検出によって決められ、ハイブリッド形成の結果、2種類のオリゴヌクレオチド上に検出される標識の割合から、ゲノムDNAにおける前記特定のシトシンのメチル化度を推定する。

請求項（抜粋）：

ゲノムDNA試料の配列コンテクスト5-CpG-3にある特定のシトシンのメチル化度を検出する方法であって、a)ゲノムDNAを化学的に処理することにより、シトシン塩基をウラシルに変換する一方、5-メチルシトシン塩基を変換しない、b)前記特定のシトシンを含むゲノムDNAの一部を増幅し、増幅産物が実証可能な標識を含むようにし、c)増幅産物を2種類のオリゴヌクレオチド及び/またはPNAオリゴマーの少なくとも1種類に結合するように、ハイブリッド形成させ、d)増幅産物が2種類のオリゴヌクレオチド及び/またはPNAオリゴマー上にハイブリッド形成している量を、増幅産物の標識を検出することで同定し、e)ハイブリッド形成の結果、2種類のオリゴヌクレオチド及び/またはPNAオリゴマー上に検出される標識の割合から、ゲノムDNAにおける前記特定シトシンのメチル化度を推定することを特徴とする、メチル化度の検出方法。

IPC (8件)：

C12N15/09 , C12M1/00 , C12Q1/68 , G01N21/78 , G01N27/62 , G01N33/53 , G01N33/566 , G01N33/58

FI (9件)：

C12N15/00 A , C12M1/00 A , C12Q1/68 A , G01N21/78 C , G01N27/62 V , G01N33/53 M , G01N33/566 , G01N33/58 A , C12N15/00 F

Fターム (27件)：

2G045AA35 , 2G045DA13 , 2G045FB02 , 2G045FB07 , 2G045FB12 , 2G045GC15 , 2G054CA22 , 2G054EA03 , 2G054GA04 , 4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024HA14 , 4B024HA19 , 4B029AA07 , 4B029FA12 , 4B063QA13 , 4B063QA19 , 4B063QQ42 , 4B063QR32 , 4B063QR55 , 4B063QR83 , 4B063QS34 , 4B063QX02 , 4B063QX04 , 4B063QX07

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