特許
J-GLOBAL ID：200903054766388564
質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法、アミノ酸配列解析装置、アミノ酸配列解析用プログラム、及びアミノ酸配列解析用プログラムを記録した記録媒体
発明者：
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出願人/特許権者：
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代理人 (1件)：
小林 良平
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-331621
公開番号（公開出願番号）：特開2008-145221
出願日： 2006年12月08日
公開日（公表日）： 2008年06月26日
要約：
【課題】デノボ・シーケンスによるアミノ酸配列の推定の信頼性を向上させる。【解決手段】マススペクトルデータに基づいてアミノ酸配列候補を選定する際に、その信頼度を示すスコアを最大化するアミノ酸配列候補を見い出す問題を、一方向の軸がアミノ酸配列上の位置、他方向の軸がマススペクトルの質量である2次元的な非巡回的グラフ上の最長路問題として定式化する。そして、被検ペプチドに由来するピークの質量と強度とを集めたピークリストに基づいて経路探索を実行することでピーク強度を加算したスコアを求め、スコアの大きなものを選択して経路を逆に辿りながら各アミノ酸を特定し、アミノ酸配列を求める。この方法によれば、高速の演算処理が可能であるため、正しいアミノ酸配列が漏れないように多数の候補を挙げることができる。【選択図】図3
請求項（抜粋）：
質量分析により得られたマススペクトルデータに基づいて目的試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析方法であって、
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
を有し、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴とする、質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法。
IPC (1件)：
FI (2件)：
G01N27/62 V
, G01N27/62 D
2G041CA01
, 2G041DA04
, 2G041EA01
, 2G041FA13
, 2G041GA06
, 2G041GA10
, 2G041JA02
, 2G041JA04
, 2G041JA07
, 2G041KA01
, 2G041LA07
, 2G041LA12
, 2G041MA04
