特許

J-GLOBAL ID：200903059062584904

タンパク質情報処理装置および方法

発明者： 向井 有理 ,  広川 貴次 ,  諏訪 牧子 ,  浅井 潔 ,  秋山 泰
出願人/特許権者： 独立行政法人産業技術総合研究所
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2002-290250
公開番号（公開出願番号）：特開2004-125623
出願日： 2002年10月02日
公開日（公表日）： 2004年04月22日
要約：

【課題】糖転移酵素タンパク質などの1回膜貫通領域含有タンパク質を精度よく判別可能にする。【解決手段】判別基準情報記憶部20は、ターゲットおよびコントロールの既知の1回膜貫通領域含有タンパク質が有するN末端付近の高疎水性領域に対する位置特異的アミノ酸出現頻度解析に基づく判別基準スコア情報を記憶する。判別基準スコア情報は典型的には位置特異的スコアマトリクスである。候補配列取得部22が、判別されるべき候補タンパク質のアミノ酸配列情報を取得する。スコア算出部28が、判別基準スコア情報を参照し、候補タンパク質が有するN末端付近の高疎水性領域の判別スコアを算出する。好ましくは、判別基準スコア情報は、疎水性最高位置を基準位置にしたときの基準位置周辺領域の各位置のアミノ酸出現頻度を求める頻度解析に基づき作られている。【選択図】 図22

請求項（抜粋）：

候補タンパク質がターゲットの1回膜貫通領域含有タンパク質であるか否かを判別するために用いられるタンパク質情報処理装置であって、 ターゲットおよびコントロールの既知の1回膜貫通領域含有タンパク質が有するN末端付近の高疎水性領域に対する位置特異的アミノ酸出現頻度解析に基づく判別基準スコア情報を記憶する判別基準情報記憶部と、 判別されるべき候補タンパク質のアミノ酸配列情報を取得する候補配列取得部と、 前記判別基準情報記憶部に記憶された判別基準スコア情報を参照し、前記候補タンパク質が有するN末端付近の高疎水性領域の判別スコアを算出するスコア算出部と、 を含むことを特徴とするタンパク質情報処理装置。

IPC (3件)：

G01N33/68 ,  G01N33/48 ,  G06F17/30

FI (3件)：

G01N33/68 ,  G01N33/48 Z ,  G06F17/30 170F

Fターム (4件)：

2G045AA34 ,  2G045DA36 ,  2G045JA01 ,  5B075UU19

引用特許：

審査官引用 (1件)

• 膜蛋白質か否かの判別方法、膜蛋白質の機能推定方法、膜貫通ヘリックス領域予測、及びこれらをコンピュータで実施するためのコンピュータプログラム
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2001-010466   出願人：科学技術振興事業団