バイオエレクトニック・マイクロチップを用いる単一核酸多型の決定方法

発明者： , , , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：青山葆 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-611727
公開番号（公開出願番号）：特表2002-541823
出願日： 2000年03月28日
公開日（公表日）： 2002年12月10日
要約：

【要約】遺伝子標的中の単一核酸多型(SNP)の性質の分析および決定のための方法が提供される。本発明の一つの方法において、遺伝子標的中のSNPの性質は、電子的に生物活性なマイクロチップ上の複数のテスト部位に配置された複数のハイブリダイゼーション複合体を供し、該ハイブリダイゼーション複合体が、SNPを含有する少なくとも核酸標的、標的配列および/またはレポーター・プローブに相補的な配列を有する安定化剤プローブ、および該安定化剤または同一標的配列鎖のいずれかに相補的な選択された配列を有するレポーター・プローブを含み、ここに、該レポーターの選択された配列が該標的のSNPに対応する野生型ヌクレオチドまたはヌクレオチドのいずれかを含む工程によって決定される。本発明による安定化剤、レポーターおよび標的アンプリコンは、塩基-スタッキングエネルギーが、とりわけ同定用指標、野生型あるいは多型の配列の存在を識別するのに利用されるようなマイクロチップシステムの電子的援助を用いてハイブリダイズされる。適用には、構造遺伝子、調節領域、抗生物質または化学療法剤の耐性付与領域における多型の同定について、あるいは種形成に関連したか、遺伝的連鎖の決定のために用いられたSNPについてのごとき疾病診断法が含まれる。

請求項（抜粋）：

塩基-スタッキングエネルギーおよび電子的にアドレス可能なマイクロチップを用いる、注目する標的核酸中の単一の核酸多型を決定する方法であって、 a.線形増幅用の少なくとも1つの増幅プライマーまたは指数関数的増幅用の少なくとも1対の増幅プライマーのいずれかを用いて、増幅反応に付されるか、あるいは付されない注目する標的核酸を供して、該標的の増幅産物を形成し; b.該標的核酸または該増幅産物の少なくとも1つの核酸鎖に相補的である第一組の「安定化剤」オリゴヌクレオチドの存在下にて、該標的核酸または該増幅産物を該マイクロチップ上の少なくとも1つの捕捉部位に電子的にアドレス指定し、該安定化剤オリゴヌクレオチドと該安定化剤オリゴヌクレオチドが相補的である標的または増幅産物鎖とがハイブリダイズした複合体をさらに形成し; c.該ハイブリダイズされた複合体を該捕捉部位に捕捉し; d.該安定化剤が相補的である該標的核酸または増幅産物の同一鎖に相補的である第二組の「レポーター」オリゴヌクレオチドを該複合体にハイブリダイズして、三次構造を形成し、該レポーターオリゴヌクレオチドが、該安定化剤および該レポーターオリゴヌクレオチドが相互に隣接する位置にて該標的核酸または増幅産物にアニーリングするように、該複合体にさらにハイブリダイズし; e.該レポーターと該標的核酸または増幅産物との間の少なくとも1つの塩基対ミスマッチがあるならば、該三次構造は該レポーターを該三次構造から分離させるのに十分な不安定化条件に付し;次いで f.該捕捉部位からの該レポーターの喪失または保持を検出することを特徴とする該方法。

IPC (4件)：

C12N 15/09 ZNA , C12Q 1/68 , G01N 33/53 , G01N 37/00 102

FI (4件)：

C12Q 1/68 A , G01N 33/53 M , G01N 37/00 102 , C12N 15/00 ZNA F

Fターム (22件)：

4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA09 , 4B024HA12 , 4B024HA19 , 4B063QA12 , 4B063QA13 , 4B063QA19 , 4B063QQ01 , 4B063QQ42 , 4B063QR08 , 4B063QR32 , 4B063QR42 , 4B063QR55 , 4B063QR62 , 4B063QR66 , 4B063QR84 , 4B063QS24 , 4B063QS25 , 4B063QS34 , 4B063QS36 , 4B063QX04

引用文献：

審査官引用 (5件)

PNAS,Vol.94(1997)p.1119-1123
Mol.Biotechnol.,Vol.11(Feb.1999)p.13-25
PNAS,Vol.93(1996)p.4913-4918

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