特許

J-GLOBAL ID：200903062676473522

文字配列検索方法

発明者： 西川 哲夫 ,  永井 啓一 ,  平岡 進 ,  笠原 直子
出願人/特許権者： 株式会社日立製作所
代理人 (1件)： 小川 勝男
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願平6-247507
公開番号（公開出願番号）：特開平8-110910
出願日： 1994年10月13日
公開日（公表日）： 1996年04月30日
要約：

【要約】【目的】 DNAやRNAの塩基配列、あるいはアミノ酸配列をダイナミックプログラミング法によって比較する方法において、比較する二つの文字配列間に長さのアンバランスがある場合に、双方の配列長の積ではなく、短い方の配列長の二乗に比例した計算時間で検索する手段を提供する。【構成】 短い方の配列中に一定長の任意の文字配列が存在するか否かを表に記録した文字成分表を用いて、長い方の配列内の部分配列が持つ文字成分がどの程度短い方の配列中の文字成分と一致するかによって、ダイナミックプログラミング法を行う領域を長い方の配列内で予め決定するステップを設ける。

請求項（抜粋）：

長さの異なる二つの文字配列をダイナミックプログラミング法で比較する方法において、短い文字配列中の一定長文字配列成分を一定数以上含む長い文字配列中の領域を探索し、この領域にダイナミックプログラミング計算を限定することを特徴とする文字配列検索方法。

IPC (4件)：

G06F 17/30 ,  C12Q 1/68 ,  G01N 33/50 ,  G01N 33/68

FI (2件)：

G06F 15/403 350 A ,  G06F 15/40 370 F