特許
J-GLOBAL ID：200903063077991228
三次元構造データベースから新規リガンド化合物を検索するためのデータベースの作成方法
発明者：
,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
特許業務法人特許事務所サイクス
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2004-317749
公開番号（公開出願番号）：特開2005-122750
出願日： 2004年11月01日
公開日（公表日）： 2005年05月12日
要約：
【課題】三次元構造データベースから生体高分子に対するリガンド化合物を検索するために用いる三次元構造データベースの作成方法を提供する。【解決手段】上記検索を(i)生体高分子の三次元座標から、水素結合性官能基の水素結合の相手となるヘテロ原子の位置にダミー原子を用意する第1工程、(ii)試行化合物の一つを選択し、試行化合物の配座を変化させながらダミー原子間の距離と試行化合物中の水素結合性ヘテロ原子間の距離とを比較し、生体高分子と試行化合物とをドッキングさせて複合体の構造を作成し、生体高分子と試行化合物との間の相互作用を評価し、最安定の複合体構造を探索する第2工程、(iii)最安定複合体構造の生体高分子と試行化合物との相互作用エネルギーの値に基づき、該試行化合物をリガンド候補化合物を判定する第3工程、および(iv)すべての試行化合物について第2および第3工程を繰り返す第4工程を含む検索により行なう作成方法。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
三次元構造データベースから生体高分子に対するリガンド化合物を検索するために用いる三次元構造データベースの作成方法であって、以下の工程:
2種以上の試行化合物の三次元座標に対し、水素結合性カテゴリー番号、分子力場計算用の情報および配座作成用の情報を用意する工程
を含み、三次元構造データベースからの生体高分子に対するリガンド化合物の検索を、下記の工程:
(i)生体高分子の三次元座標から、水素結合性官能基の水素結合の相手となり得るヘテロ原子の位置にダミー原子を用意する第1工程;
(ii)試行化合物の一つを選択し、該データベースに用意した試行化合物の三次元座標に対する水素結合性カテゴリー番号、分子力場計算用の情報および配座作成用の情報、並びに、第1工程で用意したダミー原子を用いて、試行化合物の配座を変化させながらダミー原子間の距離と試行化合物中の水素結合性ヘテロ原子間の距離とを比較することにより、生体高分子と試行化合物をドッキングさせて複合体の構造を作成し、生体高分子と試行化合物との間の相互作用を評価し、最安定の複合体構造を探索する第2工程;
(iii)第2工程で探索した最安定複合体構造における生体高分子と試行化合物との相互作用エネルギーの値に基づいて、該試行化合物をリガンド候補化合物として選択するか否かを判定する第3工程;および
(iv)該三次元構造データベースに含まれるすべての試行化合物について第2工程および第3工程を繰り返す第4工程
を含む検索により行なう上記三次元構造データベースの作成方法。
IPC (2件)：
FI (3件)：
G06F19/00 600
, G06F17/30 170F
, G06F17/30 230Z
5B075ND02
, 5B075ND40
, 5B075NR03
, 5B075NR12
, 5B075UU18
