特許
J-GLOBAL ID：200903063711924717
DNA塩基配列決定のための波形ピーク決定方法およびDNA塩基配列決定装置
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
梶山 佶是 (外1名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願平6-338517
公開番号（公開出願番号）：特開平8-173197
出願日： 1994年12月28日
公開日（公表日）： 1996年07月09日
要約：
【要約】【目的】時間対蛍光強度(出現頻度)の波形信号に連接波形が存在していてもほぼ真の波形を抽出することができる塩基配列決定のための波形ピ-ク決定方法を提供することにある。【構成】ピークに対してその左側をガウス分布として捉え、ピークに対してその右側をコーシー分布として捉え、左右異なる波形特性を持つものとしてそれぞれの判値幅を左右に分けてそれぞれ算出し、算出した左右の判値幅を指標としてこれと各波形信号のピークの強度とのデ-タからピーク位置の変動が少ない波形デ-タの塩基を正規波形として、まず抽出し、この正規波形の波形信号のデ-タに基づいて各区間ごとに波形のピッチΔTn を求めて、これとそれぞれの左右の判値幅ΔTR1/2,ΔTL1/2とにより正規波形の塩基としては選択されていない連続的な連接波形信号について真の塩基信号のピークの強度Iとその位置とを前記式と前記値ΔTn とにより求める。
請求項（抜粋）：
一色の色素マーカを使用してDNA塩基断片群を電気泳動させ、一定距離泳動させた位置でその到達状態を前記色素からの発光を受光することで検出し、その受光強度を時間の関数の波形信号とし、この波形信号に基づいてDNA塩基の配列を決定する塩基配列決定装置において、A(アデニン),C(シトシン),G(グアニン),T(チミン)のDNA塩基の波形信号の和のデ-タを泳動時間の関数として算出して得られたピークの出現ピッチの平均的な値ΔTm と所定レベル以上のピーク値とに基づいて演算対象となる塩基波形信号のデ-タを抽出する演算対象波形抽出手段と、前記抽出された前記塩基波形信号の波形デ-タからピーク位置より時間的に後の波形の第1の判値幅ΔTR1/2と、ピーク位置より時間的に前の波形の第2の判値幅ΔTL1/2とを泳動時間の関数としてそれぞれ得る判値幅算出手段と、前記第1および第2の判値幅ΔTR1/2,ΔTL1/2とピークの強度とを基準としてピーク位置の変動が少ない波形デ-タの塩基波形を正規波形の塩基として抽出する正規波形の塩基抽出手段と、この正規波形の塩基抽出手段により抽出された塩基の波形データに対してスマイリング補正をするスマイリング補正手段と、このスマイリング補正手段により補正された塩基の波形信号デ-タに対して所定の時間の間隔ごとに分けて各区間におけるDNA塩基の波形信号から得られたピークの出現ピッチの平均値に応じて塩基ピッチΔTn を求める塩基ピッチ算出手段と、この塩基ピッチ算出手段で求めた各区間の値ΔTn と前記判値幅算出手段により求められた前記第1および第2の判値幅ΔTR1/2,ΔTL1/2とにより前記正規波形の塩基抽出手段において選択されていない連接波形信号について真の塩基信号のピークの強度*Iを、*In = {In +2β1 β2 ×In-3 -(β1 -2α×β2 )In-1 -αIn+1}/(1-2α×β1 )ただし、In は区間におけるn番目の観測強度、In+1 ,In-1 ,In-3 は、In の位置よりΔTn ,-ΔTn ,-3ΔTn離れた位置の観測強度,α=exp(-ln2・P2) ,β1 =1/(1+Q2),β2 =1/(1+4Q2)P= 2ΔTn /ΔTL1/2, Q= 2ΔTn /ΔTR1/2により算出し、前記値ΔTn に基づいて正規波形として抽出された隣接塩基の波形の位置を基準としてそのピーク位置を特定する真の波形特定手段とを備えるDNA塩基配列決定のための波形ピ-ク決定方法。
IPC (4件)：
C12Q 1/68
, G01N 21/27
, G01N 21/64
, G01N 27/447
