DNA中の配列長多型性の検出用の方法および装置

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：青山葆 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-533592
公開番号（公開出願番号）：特表2002-519998
出願日： 1999年02月12日
公開日（公表日）： 2002年07月09日
要約：

【要約】遺伝子標的中のリピート単位の性質を分析および決定するための方法および装置を提供する。本発明の1つの方法において、遺伝子標的中のリピート単位の性質は、複数の試験サイトに並べた複数のハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイを供し、ここに該ハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイが少なくとも単純な反復性DNA配列を含む核酸標的、標的配列に相補的である、第1のユニークフランキング配列およびnリピート単位(n=0、1、2...)またはその画分を有する捕捉プローブ、および同一標的配列鎖に相補的な選択した配列を有するレポータープローブを含み、ここにレポーターの選択した配列が第2のユニークフランキング配列およびmのリピート単位(m=0、1、2....)またはその画分を含むが、ここに捕捉プローブとレポータープローブとの中のリピート単位の合計は0よりも大きい(n+m>0)ことを特徴とする工程によって決定する。この方法と一致して、捕捉プローブの配列は少なくとも2つの試験サイトで異なる。ついで、ハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイをモニターして、少なくとも一部分、ハイブリダイゼーション安定性を決定するごとく、試験サイトにおけるハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイの中の和合および不和合を決定する。最後に、そのサイトのハイブリダイゼーション・コンプレックス中に位置するプローブの知見と結合した和合/不和合の決定に基づいて、標的配列中のリピート単位の性質を決定し得る。本発明の1つの態様において、ハイブリダイズした材料の適当な指標化において支援するためのごとく、最初のハイブリダイゼーション期の間か、または和合/不和合期の間、またはそれらの双方の間のいずれかに、電子的ストリンジェンシー制御を利用し得る。本発明のいまだもう1つの態様において、系は複数のサイトを含み、ここに各サイトは少なくとも第1のユニークフランキング配列、第2のユニークフランキング配列および変化する数のリピート単位を有する介在リピート単位シリーズを有するプローブを含む。ループ・アウトの存在、または正確な和合の状態を決定し得る。本願は、父子鑑定検査、法医学用途、およびクローン性癌の存在の同定用のごとき疾病診断を含む。

請求項（抜粋）：

複数の試験サイトに並べた複数のハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイを供し、少なくとも一部分、ハイブリダイゼーション安定性によって決定するごとく、試験サイトにおけるハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイの中の和合(concordance)および不和合(discordance)を決定し、ついで和合サイトの決定に基づき、およびさらにそのサイトのハイブリダイゼーション・コンプレックスに位置するプローブの知見にも基づいて、標的配列中のリピート単位の性質を決定する工程を含む、遺伝子標的中のリピート単位の性質を決定する方法であり、ここに該ハイブリダイゼーション・コンプレックスアッセイが少なくとも: 反復性DNA配列を含む核酸標的、標的配列に相補的な、第1のユニークフランキング(unique flanking)配列およびnリピート単位(n>0)を有する捕捉プローブ、および同一標的配列鎖に相補的な選択した配列を有するレポータープローブを含み、該レポーターは以下の群: a)ここにレポーターの選択した配列は第2のユニークフランキング配列を含み、 b)ここにレポーターの選択した配列は標的配列の微小変異型(microvariant)領域に相補的な配列を含み、および c)ここにレポーターの選択した配列は標的配列の微小変異型領域に相補的な第2のユニークフランキング配列を含む、から選択される特性を含み、ここに捕捉とレポーターとの中のリピート単位の合計が0よりも大きく、捕捉プローブの配列が少なくとも2つの試験サイトにおいて異なることを特徴とする方法。

IPC (6件)：

C12Q 1/68 , C12M 1/00 , C12P 19/34 , G01N 33/53 , G01N 33/566 , C12N 15/09 ZNA

FI (6件)：

C12Q 1/68 , C12M 1/00 A , C12P 19/34 , G01N 33/53 M , G01N 33/566 , C12N 15/00 ZNA A

Fターム (41件)：

4B024AA01 , 4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024DA01 , 4B024DA02 , 4B024DA03 , 4B024DA05 , 4B024HA08 , 4B024HA11 , 4B024HA14 , 4B024HA19 , 4B029AA07 , 4B029BB01 , 4B029BB02 , 4B029BB11 , 4B029BB12 , 4B029BB13 , 4B029BB20 , 4B029FA15 , 4B063QA01 , 4B063QA12 , 4B063QA18 , 4B063QA19 , 4B063QQ05 , 4B063QQ06 , 4B063QQ08 , 4B063QQ09 , 4B063QQ10 , 4B063QQ42 , 4B063QR55 , 4B063QR66 , 4B063QS24 , 4B063QS34 , 4B063QS35 , 4B063QS39 , 4B063QX02 , 4B064AF27 , 4B064CA21 , 4B064DA01

引用文献：

審査官引用 (2件)

PNAS,Vol.94(1997)p.1119-1123
NAR,Vol.25,No.24(1997)p.4907-4914

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