特許

J-GLOBAL ID：200903068333832541

糖鎖配列の同定方法

発明者： 南澤 俊和 ,  前田 浩
出願人/特許権者： 生化学工業株式会社
代理人 (5件)： 川口 嘉之 ,  松倉 秀実 ,  遠山 勉 ,  佐貫 伸一 ,  丹羽 武司
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2008-115764
公開番号（公開出願番号）：特開2009-264966
出願日： 2008年04月25日
公開日（公表日）： 2009年11月12日
要約：

【課題】任意に設定した糖鎖長及び硫酸基位置のコンドロイチン(CH)及びコンドロイチン硫酸(CS)を質量分析に付した場合に得られる、MS2スペクトルにおけるフラグメントイオンのm/z値を予測する方法を提供する。さらに、CH又はCSの糖鎖長及び硫酸基位置を、質量分析によって簡易に同定する方法を提供する。【解決手段】CHオリゴ糖、CSAオリゴ糖及びCSCオリゴ糖について、各々のMS2スペクトルにおいて出現するフラグメントイオンのm/z値の規則性を見出し数式化する。さらに、前記数式に当てはめて予測した、糖鎖長及び硫酸基位置を設定したCH又はCSのフラグメントイオンのm/z値と、糖鎖長及び硫酸基位置が不明なCH又はCSのMS2スペクトルのm/z値の実測値が実質的に一致したときに、前記任意に設定した糖鎖長及び硫酸基位置が、前記不明であったCH又はCSの糖鎖長及び硫酸基位置であると同定する。【選択図】図3

請求項（抜粋）：

少なくとも以下の工程を含む、コンドロイチン又はコンドロイチン硫酸をMS2に付した際に生じるフラグメントイオンのMS2スペクトルにおけるm/z値を予測する方法: (I)MS2スペクトルにおけるm/z値の予測対象となる2糖単位からなるコンドロイチン又はコンドロイチン硫酸の糖鎖長及び硫酸基位置を設定する工程; (II)前記(I)のコンドロイチン又はコンドロイチン硫酸をMS2に付した際に切断されるグリコシド結合が属する2糖単位を選択する工程; (III)前記(I)のコンドロイチン又はコンドロイチン硫酸について、下記の(i)〜(iv)の各数値を求める工程;及び (i)N:2糖単位の数、 (ii)u:還元末端から順に2糖単位を1単位として番号を付した場合における、前記(II)で選択した2糖単位の番号、 (iii)s:前記(II)において選択した2糖単位に属するグリコシド結合が切断されて生じるフラグメントイオンの硫酸基の数、 (iv)a:前記(II)において選択した2糖単位に属するグリコシド結合が切断されて生じるフラグメントイオンの価数、 (IV)前記(III)の工程により求めた各数値を、以下の(A)〜(C)のいずれかに従って下記(イ)〜(ニ)の式に当てはめて、前記(II)で選択した2糖単位に属するグリコシド結合の切断によって生じ得るB、C、Y及びZ-タイプから選ばれるフラグメントイオンのMS2スペクトルにおけるm/z値を求める工程; (A)前記(II)で選択したグリコシド結合が属する2糖単位を構成するN-アセチルガラクトサミンが硫酸基を有さない場合には下記の(ロ)及び(ニ)の式、 (B)前記N-アセチルガラクトサミンのC-4位に硫酸基を有している場合には下記の(イ)及び(ハ)の式、又は (C)前記N-アセチルガラクトサミンのC-6位のみに硫酸基を有している場合には下記の(イ)〜(ニ)の全ての式、 (イ)B2(N-u)+1イオン(m/z)={[379(N-u)+176]+80s-a}/a、 (ロ)C2(N-u)+1イオン(m/z)={[379(N-u)+176]+18+80s-a}/a、 (ハ)Y2u-1イオン(m/z)={[379(u-1)+203]+18+80s-a}/a、 (ニ)Z2u-1イオン(m/z)={[379(u-1)+203]+80s-a}/a。

IPC (1件)：

G01N 27/62

FI (2件)：

G01N27/62 V ,  G01N27/62 D

Fターム (7件)：

2G041CA01 ,  2G041DA05 ,  2G041FA10 ,  2G041FA13 ,  2G041GA09 ,  2G041GA10 ,  2G041KA01