ゲノム型を判定するためのオリゴヌクレオチドプローブおよびマイクロアレイ

発明者： , , ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (4件)：平木祐輔 , 石井貞次 , 藤田節 , 藤井愛
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-329735
公開番号（公開出願番号）：特開2008-141969
出願日： 2006年12月06日
公開日（公表日）： 2008年06月26日
要約：

【課題】被検者に感染したJCウイルス(JCV)のゲノム型を迅速・簡便に判定し、被検者の出身地を推定するための手段を提供する。【解決手段】JCVのゲノムの特定部位の塩基配列を持ち、その変異部位に対応して一部配列が異なるオリゴヌクレオチドのセット12種類からなる、JCVのゲノム型を判定するためのオリゴヌクレオチドプローブのセット、およびそれらを固定したマイクロアレイ。【選択図】なし

請求項（抜粋）：

以下のオリゴヌクレオチドプローブを含む、被検者に感染したJCウイルスのゲノム型を判定するためのオリゴヌクレオチドプローブのセット: (a-1)配列番号2、4、5、6、7、9、10、11、12、13、14、15または16の100〜119番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (a-2)配列番号3の100〜119番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (b-1)配列番号11、12、14または15の222〜241番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (b-2)配列番号16の222〜241番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (c-1)配列番号1、3、4、6、9、12、13、14または15の261〜280番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (c-2)配列番号11の261〜280番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (d-1)配列番号1、3、6、12、13または14の276〜295番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (d-2)配列番号4、7、9、10、15または16の276〜295番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (d-3)配列番号4、7、9、10、15または16の276〜295番目の塩基において292番目のTがCと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (d-4)配列番号4、7、9、10、15または16の276〜295番目の塩基において283番目のTがCと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (e-1)配列番号3、4、5、6、8、9、10、11、12、13、14または15の288〜307番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (e-2)配列番号3、4、5、6、8、9、10、11、12、13、14または15の288〜307番目の塩基において298番目と299番目のGがAと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (e-3)配列番号3、4、5、6、8、9、10、11、12、13、14または15の288〜307番目の塩基において299番目のGがAと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (f-1)配列番号3、4、5、8、9、10、11、12、13、15または16の318〜337番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (f-2)配列番号1の318〜337番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (f-3)配列番号2の318〜337番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (g-1)配列番号12、13または14の381〜400番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (g-2)配列番号4、5、9または10の381〜400番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (g-3)配列番号15の381〜400番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (h-1)配列番号5、9、11または12の397〜416番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (h-2)配列番号14の397〜416番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (h-3)配列番号13の397〜416番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (h-4)配列番号16の397〜416番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (i-1)配列番号5、11、13、15または16の438〜457番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (i-2)配列番号12の438〜457番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (j-1)配列番号5、11または15の446〜465番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (j-2)配列番号5、11または15の446〜465番目の塩基において456番目のTがGと置換され462番目のTがAと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (j-3)配列番号5、11または15の446〜465番目の塩基において446番目のAがTと置換され456番目のTがGと置換され462番目のTがAと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (k-1)配列番号5、9、11または15の451〜470番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (k-2)配列番号5、9、11または15の451〜470番目の塩基において457番目のTがCと置換され462番目のTがGと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (k-3)配列番号5、9、11または15の451〜470番目の塩基において462番目のTがGと置換された塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (l-1)配列番号3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14または15の503〜522番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ (l-2)配列番号11の503〜522番目の塩基を含む連続した10〜30塩基の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドプローブ。

IPC (7件)：

C12N 15/09 , C12Q 1/68 , C12M 1/00 , G01N 33/53 , G01N 37/00 , G01N 33/543 , G01N 33/569

FI (8件)：

C12N15/00 A , C12N15/00 F , C12Q1/68 A , C12M1/00 A , G01N33/53 M , G01N37/00 102 , G01N33/543 525U , G01N33/569 L

Fターム (17件)：

4B024AA14 , 4B024BA80 , 4B024CA05 , 4B024CA09 , 4B024DA03 , 4B024HA12 , 4B029AA07 , 4B029AA21 , 4B029BB20 , 4B029CC03 , 4B029FA03 , 4B063QA18 , 4B063QQ10 , 4B063QR32 , 4B063QR55 , 4B063QR82 , 4B063QS34

引用文献：

審査官引用 (1件)

日本法医学雑誌, 2006年3月26日, 第60巻, 47ページ

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