遺伝子型による生物の同定方法

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：塩澤寿夫 (外2名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-123755
公開番号（公開出願番号）：特開2001-299398
出願日： 2000年04月25日
公開日（公表日）： 2001年10月30日
要約：

【要約】【課題】ある程度簡便で現実に実行可能である、遺伝子型による微生物等の生物について、種や類似性等を同定する方法を提供すること。【解決手段】 (1)同定対象である生物のゲノムの一部又は全部を鋳型としてランダムPCRにより、1種又は2種以上の2本鎖DNA断片を調製し、(2)(1)で調製した2本鎖DNA断片を温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)または変性剤濃度勾配ゲル電気泳動(DGGE)に付し、(3)(2)で得られた電気泳動パターンから各DNA断片の同定ポイントを抽出し、(4)(3)で得られた同定ポイント群からPaSS及び/又はゲノム準距離を求め、(5)(4)で得られたPaSS及び/又はゲノム準距離に基づいて、微生物の同定を行う方法であって、TGGEまたはDGGEによる電気泳動の際に、同定ポイントの基準点として、スタンダードDNAを共存させ、スタンダードDNAとの位置関係から同定ポイントの疑絶対位置を決定する方法。

請求項（抜粋）：

(1)同定対象である生物のゲノムの一部又は全部を鋳型としてランダムPCRにより、1種又は2種以上の2本鎖DNA断片を調製し、(2)(1)で調製した2本鎖DNA断片を温度勾配ゲル電気泳動(TGGE)または変性剤濃度勾配ゲル電気泳動(DGGE)に付し、(3)(2)で得られた電気泳動パターンから各DNA断片の同定ポイントを抽出し、(4)(3)で得られた同定ポイント群からPaSS及び/又はゲノム準距離を求め、(5)(4)で得られたPaSS及び/又はゲノム準距離に基づいて、微生物の同定を行う方法であって、TGGEまたはDGGEによる電気泳動の際に、同定ポイントの基準点として、スタンダードDNAを共存させ、スタンダードDNAとの位置関係から同定ポイントの疑絶対位置を決定することを特徴とする方法。

IPC (5件)：

C12Q 1/68 ZNA , C12N 15/09 , G01N 21/64 , G01N 27/447 , G01N 33/50

FI (6件)：

C12Q 1/68 ZNA A , G01N 21/64 F , G01N 33/50 P , C12N 15/00 A , G01N 27/26 325 E , G01N 27/26 325 B

Fターム (36件)：

2G043AA04 , 2G043BA16 , 2G043CA03 , 2G043DA02 , 2G043EA01 , 2G043EA19 , 2G043KA02 , 2G043LA03 , 2G045AA28 , 2G045AA40 , 2G045BB60 , 2G045CB21 , 2G045DA13 , 2G045FA11 , 2G045FB04 , 2G045FB05 , 2G045FB07 , 2G045FB12 , 2G045GC15 , 4B024AA11 , 4B024CA03 , 4B024CA09 , 4B024HA11 , 4B063QA01 , 4B063QA18 , 4B063QQ05 , 4B063QQ42 , 4B063QR32 , 4B063QR56 , 4B063QR62 , 4B063QS03 , 4B063QS16 , 4B063QS25 , 4B063QS32 , 4B063QS36 , 4B063QX02

引用特許：

審査官引用 (2件)

特開平2-269951
特開昭62-069145

引用文献：

審査官引用 (2件)

"ゲノムプロファイリング -その方法論の確立と実践的評価-"
Methods in Enzymology

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