HIV突然変異の評価方法およびキット

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：浅村皓 (外3名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-513978
公開番号（公開出願番号）：特表2001-518313
出願日： 1998年09月28日
公開日（公表日）： 2001年10月16日
要約：

【要約】HIV感染試料由来の遺伝子材料の試料の対立遺伝子型に関する情報を得るための能率的、かつ階層的な方法は、試料中のAおよびTヌクレオチドの位置を評価することにより、HIV-1の逆転写酵素およびプロテアーゼ遺伝子の既知の突然変異株変異の93-95%を決定することができるという観察によっている。それゆえ、ddAおよびddTのみをチェインターミネーターとして使用する試料において、2つの初期配列決定反応を実行することによって、全ての突然変異株変異の実質的な分画を明確に同定することができる。これら2つの塩基の位置に基いて同定し得ない試料の小分画については、第2のテストが実行され、全ての4塩基について配列が3′-方向に決定される。しかし、不確実さが残るものに対しては、最終テストが実行され、全ての4塩基について3′-および5′-方向の両方において、試料の配列が決定される。本方法を実施するために、階層内の3テストを実施するに適した試薬が、2ないしそれより多いサブセットを含有するキットとして、好適にセットになっている。第1のサブキットは、AおよびT配列決定を実行するための試薬を包含している。更なるサブキットは、標的DNAの1つまたは両方の鎖について、4塩基配列決定を実行するための試薬を含有している。

請求項（抜粋）：

HIV-1を含有する試料に存在するHIV-1の遺伝子型を決定する方法であって、(a)プロテアーゼおよび逆転写酵素遺伝子内のAおよびTヌクレオチドのみの位置を決定し、これらの位置を、公知の遺伝子型中のAおよびTヌクレオチドの位置と比較し;(b)もし、ステップ(a)が明確な同定を与えない場合、全ての4塩基の位置を決定する、更なる配列決定反応を実施する、ステップを含む方法。

IPC (2件)：

C12N 15/09 ZNA , C12Q 1/68

FI (2件)：

C12Q 1/68 A , C12N 15/00 ZNA A

Fターム (19件)：

4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA11 , 4B024CA20 , 4B024DA20 , 4B024HA19 , 4B063QA01 , 4B063QA13 , 4B063QQ10 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR32 , 4B063QR62 , 4B063QR66 , 4B063QS03 , 4B063QS16 , 4B063QS25 , 4B063QS36 , 4B063QX02

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