生物学的ネットワークモデルのテスト方法

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：平木祐輔 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-554875
公開番号（公開出願番号）：特表2002-518021
出願日： 1999年06月17日
公開日（公表日）： 2002年06月25日
要約：

【要約】本発明は、あるネットワークモデルが生物学的系における生物学的経路をいかにうまく表しているかをテストし、確認するための方法およびシステムを提供する。このネットワークモデルは、入力細胞構成要素(例えば、mRNAまたはタンパク質の存在量)を、細胞構成要素(これらは前記生物学的系における前記経路に影響される)の出力クラスと関連付ける論理演算子のネットワークを含む。本発明の方法は、まず、ネットワークモデルをテストするための、ネットワークの摂動に対する生物学的系の相対変化を比較する完全かつ効率的な実験の選択を規定する。本発明の方法はまた、出力クラスが選択された実験に応答していかに挙動するかをネットワークモデルから予測すること、選択された実験で実際に観察された細胞構成要素の相対変化の尺度(measure)を見出すこと、観察された各細胞構成要素の、該細胞構成要素が最も強い相関を有する出力クラスに対する適合度を見出すこと、ならびに観察された各細胞構成要素の個々の適合度からネットワークモデルの全適合度を確定することによる、ネットワークモデルの生物学的系に対する全体的な適合度の確定を規定する。さらに、これらの方法は、実験により確定した可能性のある適合度の分布を用いて非母数統計検定にしたがって全体的適合度の有意性を検定することを規定する。本発明はまた、これらの方法の計算ステップを実行するためのコンピュータシステムも提供する。

請求項（抜粋）：

あるネットワークモデルを生物学的系においてテストまたは確認する方法であって、 (a) 複数の実測相対変化のそれぞれが、複数の規定相対変化のそれぞれといかにうまく適合しているかを判定するステップ、ここで、前記規定相対変化は、あるネットワークモデルに対する標準化影響マトリックス(influence matrix)により得られるものであり、前記ネットワークモデルは、 (i) 複数の入力構成要素であって1以上の前記入力構成要素の摂動(perturbation)が入力状態を含んでいるもの、 (ii) 出力状態と関連した挙動の複数の出力クラス、および (iii) 前記入力状態と前記出力状態との間の論理関係であって、それにより前記出力状態が前記論理関係にしたがって前記入力状態に依存するものを含んでなり、前記標準化影響マトリックスは、第1の入力状態から第2の入力状態までの各出力クラスの前記規定相対変化を規定するものであり、前記実測相対変化は、第1の入力状態から第2の入力状態までの1以上の細胞構成要素の相対変化を測定することを含む1以上のネットワークテスト実験で得られたデータから与えられるものである; (b) 前記の各細胞構成要素を特定の出力クラスに割り当てるステップ、ここで、各細胞構成要素は、前記細胞構成要素の実測相対変化と最も適合する規定相対変化を有する出力クラスに割り当てられる;ならびに (c) 前記データの前記ネットワークモデルに対する全体的な適合度を確定するステップを含んでなり、それによって前記ネットワークモデルが前記全体的適合度によりテストまたは確認されるものである、前記方法。

IPC (6件)：

C12N 15/09 , C12Q 1/06 , C12Q 1/68 , G01N 33/15 , G01N 33/50 , C12R 1:865

FI (6件)：

C12Q 1/06 , C12Q 1/68 A , G01N 33/15 Z , G01N 33/50 Z , C12R 1:865 , C12N 15/00 F

Fターム (21件)：

2G045AA40 , 2G045CB01 , 2G045CB21 , 2G045DA12 , 2G045DA13 , 2G045DA14 , 2G045DA36 , 2G045FB02 , 2G045FB03 , 2G045JA01 , 4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024BA80 , 4B063QA01 , 4B063QA13 , 4B063QQ02 , 4B063QQ07 , 4B063QQ09 , 4B063QQ53 , 4B063QR55 , 4B063QS34

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