核酸塩基配列決定方法

発明者： , , ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (1件)：平木祐輔
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2002-076448
公開番号（公開出願番号）：特開2003-270206
出願日： 2002年03月19日
公開日（公表日）： 2003年09月25日
要約：

【要約】【課題】核酸断片を電気泳動して得られた蛍光強度波形データを解釈して、A,C, G, T (U)等の塩基配列を決定する際、解釈困難な部位の配列を精度良く決定する。【構成】塩基配列が既知である蛍光強度波形データとの信号強度比較を行い、所定の比較基準に基づいて、塩基配列の決定と塩基変異の有無の判定を行う。

請求項（抜粋）：

核酸試料から得た種々の長さの核酸断片を電気泳動して得られた4種類の塩基の蛍光強度波形データのピーク情報を元に前記核酸試料の塩基配列を仮決定するステップと、前記仮決定した塩基配列と既知塩基配列に対してホモロジー検索を行い、前記仮決定した塩基配列に相同性が高い既知塩基配列を並置するステップと、前記並置した核酸試料の蛍光強度波形データの信号強度と既知塩基配列の対応する蛍光強度波形データの信号強度とを、横軸を揃えて比較するステップとを含み、前記核酸試料の第1の塩基の蛍光強度波形データの所定のピークの信号強度が、既知塩基配列の前記第1の塩基の蛍光強度波形データの前記所定のピークに対応するピークの信号強度に対して所定の割合以下である場合に、当該ピーク位置に塩基変異が生じている可能性があると判定することを特徴とする核酸試料の塩基配列決定方法。

IPC (6件)：

G01N 27/447 , C12Q 1/68 , G01N 21/64 , G01N 33/53 , G01N 33/566 , G01N 33/58

FI (7件)：

C12Q 1/68 Z , G01N 21/64 F , G01N 33/53 M , G01N 33/566 , G01N 33/58 A , G01N 27/26 325 E , G01N 27/26 315 K

Fターム (24件)：

2G043BA16 , 2G043CA03 , 2G043DA02 , 2G043DA05 , 2G043EA01 , 2G043EA19 , 2G043FA06 , 2G043KA02 , 2G043KA09 , 2G043NA01 , 2G043NA06 , 2G045DA12 , 2G045DA13 , 2G045DA14 , 2G045FA11 , 2G045FB02 , 2G045FB05 , 2G045FB07 , 2G045FB12 , 4B063QA13 , 4B063QQ42 , 4B063QR32 , 4B063QS16 , 4B063QX02

引用特許：

審査官引用 (3件)

核酸塩基配列決定装置および検査システム
公報種別：公開公報出願番号：特願2000-245516 出願人：株式会社日立製作所
塩基配列決定方法及びその装置
公報種別：公開公報出願番号：特願平3-245501 出願人：株式会社日立製作所, 日立電子エンジニアリング株式会社
核酸配列分析のための方法およびシステム
公報種別：公表公報出願番号：特願平11-500592 出願人：アメルシャムファルマシアビオテクエイビー

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