特許

J-GLOBAL ID：200903080667652374

DNA塩基配列比較方法

発明者： 永井 啓一 ,  入江 亮太郎 ,  平岡 進 ,  笠原 直子
出願人/特許権者： 株式会社日立製作所
代理人 (1件)： 小川 勝男
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願平10-053102
公開番号（公開出願番号）：特開平10-334104
出願日： 1998年03月05日
公開日（公表日）： 1998年12月18日
要約：

【要約】【課題】 2つのDNA塩基配列に挿入、欠失が存在する場合にも、翻訳アミノ酸配列を介在させて類似度の比較が可能なDNA塩基配列比較方法を提供する。【解決手段】 検索DNA塩基配列、データベースから読み出したDNA塩基配列を各々アミノ酸配列に翻訳し(304、306)、塩基、アミノ酸の挿入、欠失を考慮して翻訳アミノ酸配列の間での類似度を算出し、動的計画法によるスコア総計の演算(307)を実行し、比較検索の結果得られた上位スコア総計を与える2つの翻訳アミノ酸配列に対する、動的計画法による上位スコア総計及び経路の演算(312)と、スコア総計の最大値を与える経路のトレース演算(313)とを実行して、翻訳アミノ酸配列間での並置結果をDNA塩基配列の並置と併せて表示する。【効果】 検索の感度が向上する。

請求項（抜粋）：

(1) 第1、及び第2のDNA塩基配列を、3塩基長の塩基群に各々分割し、各塩基群をアミノ酸に翻訳して、第1、及び第2のアミノ酸配列を求める工程と、(2)前記第1、及び前記第2のDNA塩基配列に於ける塩基の挿入、欠失、及び、前記第1、及び前記第2の翻訳アミノ酸配列に於けるアミノ酸の挿入、及び欠失を各々考慮して、前記第1の翻訳アミノ酸配列と前記第2の翻訳アミノ酸配列に於ける各アミノ酸の配列の比較の結果得られる類似度を総計して、前記類似度の総計が最大となるような、前記第1、及び第2の翻訳アミノ酸配列の各アミノ酸どうしの対応関係を求める工程と、(3)前記類似度の総計の最大値と、前記第1と第2の翻訳アミノ酸配列との並置と、前記第1の翻訳アミノ酸配列と前記第1のDNA塩基配列との間の並置と、前記第2の翻訳アミノ酸配列と前記第2のDNA塩基配列との間の並置とを出力する工程とを有し、前記工程(1)は、前記第1、及び第2のDNA塩基配列を各々、(I)5’末端から3塩基の単位で順次塩基づつずらしながらアミノ酸配列に翻訳すること、(II)5’末端から4塩基の単位で順次1塩基づつずらし、前記4塩基のうちの2番目の塩基を除く前記4塩基のうちの残りの3塩基をアミノ酸配列に翻訳すること、(III)5’末端から4塩基の単位で順次1塩基づつずらし、前記4塩基のうちの3番目の塩基を除く前記4塩基のうちの残りの3塩基をアミノ酸配列に翻訳すること、を含み、前記第1と第2のDNA塩基配列の間の類似度を比較するDNA塩基配列比較方法。

IPC (2件)：

G06F 17/30 ,  C12N 15/00 ZNA

FI (2件)：

G06F 15/40 370 F ,  C12N 15/00 ZNA Z