特許

J-GLOBAL ID：200903080748306071

膜蛋白質か否かの判別方法、膜蛋白質の機能推定方法、膜貫通ヘリックス領域予測、及びこれらをコンピュータで実施するためのコンピュータプログラム

発明者： 美宅 成樹 ,  広川 貴次
出願人/特許権者： 科学技術振興事業団
代理人 (1件)： 滝田 清暉 (外1名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2001-010466
公開番号（公開出願番号）：特開2002-215634
出願日： 2001年01月18日
公開日（公表日）： 2002年08月02日
要約：

【要約】 (修正有)【課題】 アミノ酸の配列が膜蛋白質であるか否かを、高精度で迅速に判別する方法を提供。【解決手段】 (a)蛋白質構成要素の20個のアミノ酸について、疎水性指標H、両親媒性指標A、及び非電荷指標Cを割り当て、(b)5〜9個のウィンドウWを用いてアミノ酸配列の疎水性コア指標Icoreを算出し、(c)Icore値を縦軸、被判別蛋白質のアミノ酸鎖を横軸にプロットし、(d)一定の閾値を超えるアミノ酸残基の数が15以上のセグメントを一次型膜貫通ヘリックスの候補とし、(e)各候補の二回平均疎水性及び平均両親媒性を算出して、(f)一定の判別式に従って一次型膜貫通ヘリックスが存在しない場合には被判別蛋白質を水溶性蛋白質と認定する。

請求項（抜粋）：

(a)蛋白質の構成要素である20個のアミノ酸それぞれについて、疎水性指標H、両親媒性指標A、及び非電荷指標Cを割り当て、(b)5〜9個の何れかの数の一連の窓を有するウィンドウWを用いて被判別蛋白質のアミノ酸配列から抽出される前記ウィンドウWと対応する全てのアミノ酸配列について、該アミノ酸配列の疎水性コア指標Icoreを、前記疎水性指標を用いて計算した一回平均疎水性[H]を介して算出し、(c)得られたIcore値を縦軸とし、被判別蛋白質のアミノ酸鎖を横軸にしてプロットし、(d)得られたグラフが一定の閾値を超える領域の一連のアミノ酸残基の数が15以上となったとき、その領域を構成する一連のアミノ酸残基からなるセグメントを一次型膜貫通ヘリックスの候補とし、(e)得られた各候補について二回平均疎水性及び平均両親媒性を算出し、(f)被判別蛋白質のアミノ酸鎖の長さ(アミノ酸の数)、上記2回平均疎水性、及び、平均両親媒性を用いた一定の判別式に従って一次型膜貫通ヘリックスの有無を判別し、(g)一次型膜貫通ヘリックスが存在しない場合には被判別蛋白質を水溶性蛋白質と認定し、(h)一次型膜貫通ヘリックスが存在する場合には、少なくとも、前記(d)における閾値を変更すること以外は、前記(b)〜(d)と全く同様にしてセグメントを抽出し、該抽出したセグメントの集合から既に一次型膜貫通ヘリックスと認定されたセグメントを除去して二次型膜貫通ヘリックスの候補セグメントを得、(i)次いで前記(e)と同様にして各候補セグメントについて’と’を算出し、(j)前記二次型膜貫通ヘリックスの候補セグメントについてその中心が45残基以下である場合と45残基以上である場合に分類し、前記’及び’を用いた新たな判別式によって二次型膜貫通ヘリックスの有無を判別すると共に、(k)全く新しく、前記(b)で抽出された全てのアミノ酸配列の単位に対して非電荷指標Cを割り当て、該非電荷指標Cが1であるアミノ酸残基が連続して19残基以上存在するセグメントを抽出し、該セグメントについて前記’及び’を用いた判別式によって二次型膜貫通ヘリックスの有無を判別する方法であって、前記演算の基本データとして(a)で各アミノ酸に割り当てた各指標及びその値を使用することを特徴とする、膜蛋白質か否かの判別方法。

Fターム (10件)：

5B075ND03 ,  5B075ND20 ,  5B075ND22 ,  5B075ND34 ,  5B075NR02 ,  5B075NR12 ,  5B075PP30 ,  5B075PQ02 ,  5B075PQ03 ,  5B075UU19