特許

J-GLOBAL ID：200903082714965664

DNAおよびRNAを解読するための大量並行方法

発明者： ジュー、ジンユエ ,  リー、ゼンミン ,  エドワーズ、ジョン・ロバート ,  イタガキ、ヤスヒロ
出願人/特許権者： ザ・トラスティーズ・オブ・コランビア・ユニバーシティー・イン・ザ・シティー・オブ・ニューヨーク
代理人 (6件)： 鈴江 武彦 ,  河野 哲 ,  中村 誠 ,  福原 淑弘 ,  村松 貞男 ,  橋本 良郎
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2002-532574
公開番号（公開出願番号）：特表2004-510433
出願日： 2001年10月05日
公開日（公表日）： 2004年04月08日
要約：

本発明は、核酸を固体表面に結合する方法、およびヌクレオチド類縁体がポリメラーゼ反応において成長中のDNA鎖に組み込まれた後に、各ヌクレオチド類縁体の種別を検出することで、核酸をシーケンシングする方法を提供する。本発明はまた、切断可能なリンカーによりヌクレオチド類縁体に結合される特有の標識、およびデオキシリボースの3’位にある-OH基をキャップする切断可能な化学基を含むヌクレオチド類縁体を提供する。

請求項（抜粋）：

ヌクレオチド類縁体がポリメラーゼ反応において成長中のDNA鎖に組み込まれた後に、該ヌクレオチド類縁体の種別を検出することで核酸をシーケンシングする方法において: (i)上記核酸の5’末端を固体表面に結合する工程と、 (ii)上記固体表面に結合された上記核酸に、プライマーを結合する工程と、 (iii)ポリメラーゼおよび1以上の異なるヌクレオチド類縁体を上記核酸に添加し、それにより上記成長中のDNA鎖にヌクレオチド類縁体を組み込む工程であって、ここで組み込まれたヌクレオチド類縁体は上記ポリメラーゼ反応を終結させ、また異なるヌクレオチド類縁体はそれぞれ、(a)アデニン、グアニン、シトシン、チミン、およびウラシル、ならびにそれらの類縁体からなる群から選択される塩基、(b)切断可能なリンカーにより該塩基または該塩基の類縁体に結合される特有の標識、(c)デオキシリボース、および(d)該デオキシリボースの3’位にある-OH基をキャップするための切断可能な化学基を含む工程と、 (iv)上記固体表面を洗浄して、組み込まれていないヌクレオチド類縁体を除去する工程と、 (v)上記成長中のDNA鎖に組み込まれた上記ヌクレオチド類縁体に結合された上記特有の標識を検出して、それにより組み込まれたヌクレオチド類縁体を同定する工程と、 (vi)1以上の化学的化合物を添加して、上記核酸に結合された上記プライマー上の全ての未反応-OH基、または1以上のヌクレオチド類縁体を上記プライマーに添加することにより形成されたプライマー伸長鎖上の全ての未反応-OH基を永久的にキャップする工程と、 (vii)上記成長中のDNA鎖に組み込まれた上記ヌクレオチド類縁体と上記特有の標識との間の上記切断可能なリンカーを切断する工程と、 (viii)上記デオキシリボースの上記3’位にある上記-OH基をキャップしている上記切断可能な化学基を切断して、上記-OH基からキャップを外し、上記固体表面を洗浄して、切断された化合物を除去する工程と、 (ix)工程(iii)〜(viii)を繰り返して、上記成長中のDNA鎖に新たに組み込まれたヌクレオチド類縁体の上記種別を検出する工程と を含み、 上記特有の標識が色素である場合には、工程(v)〜(vii)の順序は、(v)、(vi)、および(vii)であり、 上記特有の標識が質量タグである場合には、工程(v)〜(vii)の順序は、(vi)、(vii)、および(v)である方法。

IPC (6件)：

C12N15/09 ,  C07H19/10 ,  C07H19/20 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/53 ,  G01N37/00

FI (6件)：

C12N15/00 A ,  C07H19/10 ,  C07H19/20 ,  C12Q1/68 A ,  G01N33/53 M ,  G01N37/00 102

Fターム (51件)：

4B024AA11 ,  4B024CA04 ,  4B024CA05 ,  4B024CA06 ,  4B024CA09 ,  4B024CA10 ,  4B024CA11 ,  4B024HA08 ,  4B024HA12 ,  4B024HA14 ,  4B024HA19 ,  4B063QA01 ,  4B063QA08 ,  4B063QA12 ,  4B063QA13 ,  4B063QA17 ,  4B063QA18 ,  4B063QA19 ,  4B063QQ03 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QR07 ,  4B063QR08 ,  4B063QR32 ,  4B063QR35 ,  4B063QR41 ,  4B063QR42 ,  4B063QR55 ,  4B063QR62 ,  4B063QR63 ,  4B063QR66 ,  4B063QR83 ,  4B063QR84 ,  4B063QS12 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QS36 ,  4B063QS39 ,  4B063QX02 ,  4B063QX04 ,  4C057BB02 ,  4C057BB05 ,  4C057CC03 ,  4C057DD03 ,  4C057LL14 ,  4C057LL17 ,  4C057LL19 ,  4C057LL22 ,  4C057LL26 ,  4C057LL42 ,  4C057LL45