特許

J-GLOBAL ID：200903084586986435

位置特定可能なアレイによるリガーゼ検出反応を用いた核酸配列差異の検出

発明者： バラニー フランシス ,  ジェリー ノーマン ピー. ,  ウィトウスキ ナンシー イー. ,  デイ ジョセフ ,  ハンマー ロバート ピー. ,  バラニー ジョージ
出願人/特許権者： コーネル リサーチ ファンデーション インク. ,  リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミネソタ ,  ボード オブ スーパーバイザーズ オブ ルイジアナ ステイト ユニバーシティ アンド アグリカルチュラル アンド メカニカル カレッジ
代理人 (1件)： 清水 初志 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-606786
公開番号（公開出願番号）：特表2003-520570
出願日： 2000年03月17日
公開日（公表日）： 2003年07月08日
要約：

【要約】 本発明は、多数の標的ヌクレオチド配列における、一つ又は複数の単塩基の変化、挿入、欠失又は転座による一つ又は複数の多数の配列の差異を同定する方法を説明する。ライゲーション期は、標的配列特異的部分及び位置特定可能なアレイ特異的部分を有する一つのオリゴヌクレオチドプローブ、並びに標的配列特異的部分及び検出可能な標識を有する第二のオリゴヌクレオチドプローブの間のライゲーション検出反応を利用する。ライゲーション期後、固体支持体にライゲーションされたオリゴヌクレオチドプローブを、少なくともその一部が位置特定可能なアレイ特異的部分に対して相補的であるような固定された捕獲用オリゴヌクレオチドアレイへハイブリダイズさせることにより、捕獲期が実施される。捕獲期の完了後、固体支持体にハイブリダイズされたライゲーションされたオリゴヌクレオチドプローブの標識を検出するために、検出期が実施される。ライゲーション期は、増幅法に先行することができる。本発明はまた、本方法を実施するためのキット、固体支持体上にアレイを形成する方法、および支持体それ自身に関する。

請求項（抜粋）：

以下の段階を含む、多数の標的ヌクレオチド配列において、一つ又は複数の単塩基の変化、挿入、欠失、又は転座により異なる一つ又は複数の多数の配列を同定する方法: 多数の配列差異を伴う一つ又は複数の標的ヌクレオチド配列を含有する可能性のある試料を提供する段階; 特定のセットのオリゴヌクレオチドプローブは、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズされる場合には相互ライゲーションに適しているが、試料中に存在する任意の他のヌクレオチド配列とハイブリダイズされる場合にはこのようなライゲーションを妨害するミスマッチを有するような、各セットが(a)標的特異的部分及び位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第一のオリゴヌクレオチドプローブ、並びに(b)標的特異的部分及び検出可能なレポーター標識を有する第二のオリゴヌクレオチドプローブにより特徴付けられる、多数のオリゴヌクレオチドプローブセットを提供する段階; リガーゼを提供する段階; 混合物を形成するために、試料、多数のオリゴヌクレオチドプローブセット、及びリガーゼを混合する段階; オリゴヌクレオチドプローブセットは、それらの各々の標的ヌクレオチド配列以外の試料中のヌクレオチド配列にハイブリダイズしうるが、一つ又は複数のミスマッチの存在のために相互ライゲーションせず、変性処理時に個別に分離されるような、試料中に存在し、(a)位置特定可能なアレイ特異的部分、(b)互いに結合した標的特異的部分、及び(c)検出可能なレポーター標識を含むライゲーション産物配列を作製するために互いにライゲーションする場合には、任意のハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドが標的ヌクレオチド配列から分離される変性処理、及びオリゴヌクレオチドプローブセットを塩基特異的方法で隣接位置でそれらの各々の標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズさせるハイブリダイゼーション処理を含む、一つ又は複数のリガーゼ検出反応サイクルに混合物を供する段階; 捕獲用オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有する、多孔質表面および、特定部位に固定された種々の捕獲用オリゴヌクレオチドを有する固体支持体を提供する段階; 前述の供する段階後、塩基特異的方法で位置特定可能なアレイ特異的部分が捕獲用オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするのに効果的な条件下で、混合物を固体支持体と接触させ、これにより位置特定可能なアレイ特異的部分を相補的捕獲用オリゴヌクレオチドにより固体支持体上の部位で捕獲する段階;並びに 固体支持体に特定部位で捕獲されたライゲーション産物配列のレポーター標識を検出し、これにより試料中に一つ又は複数の標的ヌクレオチド配列が存在することを示す段階。

IPC (6件)：

C12N 15/09 ZNA ,  C12N 15/09 ,  C12Q 1/68 ,  G01N 33/53 ,  G01N 33/566 ,  G01N 37/00 102

FI (6件)：

C12Q 1/68 A ,  G01N 33/53 M ,  G01N 33/566 ,  G01N 37/00 102 ,  C12N 15/00 ZNA A ,  C12N 15/00 F

Fターム (25件)：

4B024AA05 ,  4B024AA11 ,  4B024AA17 ,  4B024CA01 ,  4B024CA09 ,  4B024CA10 ,  4B024CA11 ,  4B024HA12 ,  4B024HA14 ,  4B024HA19 ,  4B063QA01 ,  4B063QA12 ,  4B063QA17 ,  4B063QA18 ,  4B063QA19 ,  4B063QQ42 ,  4B063QR20 ,  4B063QR38 ,  4B063QR56 ,  4B063QR80 ,  4B063QR82 ,  4B063QS24 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QX02

引用文献：

審査官引用 (1件)

• DNA Sequence. 1991, Vol.1, No.6, p.375-388