同時調節された遺伝子セットを使用して遺伝子発現パターンの検出および分類を向上させる方法

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：平木祐輔 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-578488
公開番号（公開出願番号）：特表2002-528095
出願日： 1999年10月27日
公開日（公表日）： 2002年09月03日
要約：

【要約】本発明は、生物学的応答パターンの検出を向上させる方法を提供する。本発明の実施形態の1つでは、遺伝子を、その発現の同時調節(co-regulation)に応じて、基本遺伝子セットへ分類する。遺伝子セット内に含まれる個々の遺伝子の発現は、射影法(projection process)により、遺伝子セットに対する単一の遺伝子発現値で表される。次いで、個々の遺伝子の発現ではなくて遺伝子セットの発現値を、生物学的応答の比較および検出を非常に高感度で行うための基準として使用する。本発明の別の実施形態では、生物学的応答を、その生物学的プロフィールの類似度に応じて分類する。本発明の方法は多くの有用な用途を有し、特に薬剤の開発と発見の分野で有用である。例えば、本発明の方法を使用して、生物学的応答を非常に高感度で比較することが可能である。このような方法に従って比較し得る生物学的応答としては、突然変異または温度変化に対する生物学的応答といった単一摂動(single perturbation)に対する応答、並びに特定の薬剤による力価測定といった段階的摂動(graded perturbation)に対する応答が挙げられる。本発明の方法はまた、特定のタイプの生物学的応答に関与する細胞構成成分、特に遺伝子を同定するのにも有用である。さらに、本発明の方法を使用して、1以上の特定の遺伝子セットを生じる摂動(例えば、新規の薬剤または突然変異)を同定することも可能である。さらに、本発明の方法を使用して、生物学的応答のデータ中に含まれる実験によるアーティファクト(artifact)を除去することも可能である。

請求項（抜粋）：

生物学的サンプルの分析方法であって、前記生物学的サンプル中に含まれる細胞構成成分の複数の測定結果からなる初期プロフィールを、同時変動性の基本細胞構成成分セットの定義に従って、複数の細胞構成成分セット値を含む射影プロフィールへ変換することを含んでなり、ここで、前記定義は、複数の異なる摂動下における前記細胞構成成分の同時変動に基づくものであり、前記変換は、前記初期プロフィールを前記基本細胞構成成分セットへ射影することを含んでなるものである、前記方法。

IPC (10件)：

C12N 15/09 ZCC , C12N 15/09 , C12M 1/00 , C12Q 1/68 , G01N 33/15 , G01N 33/50 , G06F 17/10 , G06F 17/16 , G06F 17/18 , G06F 17/30 170

FI (10件)：

C12M 1/00 A , C12Q 1/68 A , G01N 33/15 Z , G01N 33/50 Z , G06F 17/10 Z , G06F 17/16 K , G06F 17/18 Z , G06F 17/30 170 F , C12N 15/00 ZCC A , C12N 15/00 F

Fターム (35件)：

2G045AA35 , 2G045CB01 , 2G045DA13 , 2G045FB02 , 2G045JA03 , 4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA01 , 4B024CA04 , 4B024CA09 , 4B024CA12 , 4B024HA14 , 4B029AA07 , 4B029AA23 , 4B029BB20 , 4B029CC03 , 4B029CC08 , 4B029FA15 , 4B063QA05 , 4B063QQ05 , 4B063QQ20 , 4B063QR32 , 4B063QR56 , 4B063QS34 , 4B063QS36 , 4B063QX02 , 5B056BB11 , 5B056BB37 , 5B056BB42 , 5B056BB91 , 5B056HH00 , 5B075ND20 , 5B075ND40 , 5B075NR12 , 5B075UU19

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