汚染環境および環境試料の分子遺伝学的解析・評価法

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出願人/特許権者： ,
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2001-345154
公開番号（公開出願番号）：特開2003-038199
出願日： 2001年11月09日
公開日（公表日）： 2003年02月12日
要約：

【要約】【課題】環境中の全微生物および特定微生物を対象とし、Non-RI法により行うことができる分子遺伝学的な検出および定量化の新規手法、並びにそれを用いた汚染環境および環境試料の解析・評価法を提供する。【解決手段】環境試料から特定機能微生物の核酸をNon-RI法により検出・定量し、その環境中の特定機能微生物の優占度を解析する方法であって:1)環境から採取した微生物含有試料より、標的となる核酸を抽出・精製、保存する工程、2)特定機能微生物に特異的な配列を選抜し、この特定機能微生物に特異的なNon-RI標識核酸プローブを作製する工程、3)1)で得た核酸を基盤上に固定化し、2)で作製したプローブを添加し、ハイブリダイゼーションおよび洗浄処理を行う工程、4)ハイブリダイズしたNon-RI標識核酸プローブに由来するシグナルを視覚化して解析し、その定量値を求める工程、5)求めた定量値を全生物ならびに生物界の各ドメインにつき測定した定量値と比較して、特定機能微生物の優占度を算出する工程。

請求項（抜粋）：

自然環境や人工的な環境から得られた試料中の特定機能微生物の核酸をNon-RI法(放射性同位体を利用しない方法)により検出および定量し、その環境中の特定機能微生物の優占度を解析する方法であって、以下の工程:1)自然環境や人工的な環境から採取した微生物含有試料より、標的となる核酸を抽出・精製、保存する工程、2)特定機能微生物の標的となる核酸塩基配列情報の中から該特定機能微生物に特異的な核酸配列を選抜し、該配列を有するオリゴヌクレオチドを合成し、Non-RI標識でこれを標識して、該特定機能微生物に特異的なNon-RI標識核酸プローブを作製する工程、3)1)で抽出・精製した標的となる核酸をハイブリダイゼーション用の基盤上に固定化し、これを特定機能微生物に特異的なNon-RI標識核酸プローブと接触させてハイブリダイゼーション処理を行った後、洗浄処理を行う工程、4)ハイブリダイズしたNon-RI標識核酸プローブに由来するシグナルを視覚化して解析し、その定量値を求める工程、5)求めた定量値を用い、全生物ならびに生物界の各ドメインにつき測定した定量値と比較して、特定機能微生物の優占度を算出する工程、を含む前記の方法。

IPC (4件)：

C12Q 1/68 , C02F 1/00 ZAB , C12N 15/09 , C12N 15/09 ZNA

FI (4件)：

C12Q 1/68 A , C02F 1/00 ZAB V , C12N 15/00 ZNA A , C12N 15/00 A

Fターム (9件)：

4B024AA11 , 4B024CA09 , 4B024HA12 , 4B063QA18 , 4B063QQ06 , 4B063QQ42 , 4B063QR55 , 4B063QS34 , 4B063QX02

引用特許：

審査官引用 (3件)

油汚染のモニタリング方法
公報種別：公開公報出願番号：特願平10-069399 出願人：株式会社海洋バイオテクノロジー研究所
新規核酸断片及びこれを用いた微生物の検出方法
公報種別：公開公報出願番号：特願平10-241737 出願人：キヤノン株式会社, 株式会社海洋バイオテクノロジー研究所
新規核酸断片およびこれらを用いたTB64株の検出法
公報種別：公開公報出願番号：特願平10-344505 出願人：キヤノン株式会社

引用文献：

審査官引用 (13件)

海洋, 23 (2000.11.01) p.162-170
日本産業技術振興協会技術資料, 300 (2000.11.02) p.5-7
第33回日本環境学会年会講演集, (1999) p.491(3-F-11-2)

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