特許

J-GLOBAL ID：200903095765014413

cDNAマイクロアレイデータの補正システム、方法、プログラム、及び記録媒体

発明者： 安東 正貴 ,  斎藤 彰 ,  大瀧 慈 ,  佐藤 健一 ,  西山 正彦 ,  大谷 敬子
出願人/特許権者： 日本電気株式会社 ,  大瀧 慈 ,  社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
代理人 (2件)： 後藤 洋介 ,  池田 憲保
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-124585
公開番号（公開出願番号）：特開2004-325419
出願日： 2003年04月28日
公開日（公表日）： 2004年11月18日
要約：

【課題】マイクロアレイデータのグローバルおよびローカルな歪みに対してより精密な補正をし、さらに蛍光色素の感度の違いによる測定誤差を補正する。【解決手段】第一処理過程であるデータ規準化手段は、入力装置から遺伝子発現強度データを入力し、大半の遺伝子は発現していないことを前提としてグリッド毎の順序統計量を用いて遺伝子発現強度データを規準化し、規準化した遺伝子発現強度データを出力する。第二処理過程であるスポット位置による補正手段は、グリッド毎にスポット位置に依存する歪みをノンパラメトリック平滑化法によって推定し、スポット位置に依存した歪みを補正した遺伝子発現強度データを出力する。第三処理過程であるS-Dプロットによる補正手段は、S-D変換を行い、蛍光色素の感度の違いによる歪みをノンパラメトリック平滑化法によって推定し、蛍光色素の感度の違いによる歪みを補正した遺伝子発現強度データを出力装置に出力する。【選択図】 図2

請求項（抜粋）：

マイクロアレイデータのグローバル及びローカルな歪みに対してより精密な補正をし、さらに蛍光色素の感度の違いによる測定誤差を補正するcDNAマイクロアレイデータの補正システムにおいて、 各スポットのバックグラウンドノイズの除去及び信頼性を示すフラッグ情報を考慮し、あらかじめ調整されている遺伝子発現強度データを入力する入力装置と、 前記入力された遺伝子発現強度データに対して、グリッド毎の順序統計量を用いて遺伝子発現強度データを規準化し、規準化された規準化遺伝子発現強度データを送出するデータ規準化手段と、前記規準化遺伝子発現強度データに対して、グリッドの座標におけるスポット位置に依存する歪みをノンパラメトリック平滑化法によって推定し、補正した第1の遺伝子発現強度補正データを送出するスポット位置による第1の補正手段と、前記第1の遺伝子発現強度補正データに対してS-D変換を行い、遺伝子発現強度データに潜在しうる蛍光色素の感度の違いによる歪みをノンパラメトリック平滑化法によって推定し、蛍光色素の感度の違いによる歪みが補正された第2の遺伝子発現強度補正データを送出する第2の補正手段とを具備するデータ解析装置と、 前記第2の遺伝子発現強度補正データを出力する出力装置を 有することを特徴とするcDNAマイクロアレイデータの補正システム。

IPC (2件)：

G01N33/53 ,  G01N37/00

FI (2件)：

G01N33/53 M ,  G01N37/00 102

引用文献：

審査官引用 (3件)

• cDNAマイクロアレイデータに基づく遺伝子発現状況の解析
• Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple sli
• Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple sli