特許

J-GLOBAL ID：200903097034479258

新たなペプチド配列決定法

発明者： パレク,ラジ・ビク ,  プライム,サリー・バーバラ ,  ウェド,ニック・シンクレア ,  タウンゼンド,ロバート・レイド
出願人/特許権者： オックスフォード・グリコサイエンシーズ・(ユーケイ)・リミテッド
代理人 (1件)： 青山 葆 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願平10-550136
公開番号（公開出願番号）：特表2002-505740
出願日： 1998年05月22日
公開日（公表日）： 2002年02月19日
要約：

【要約】(a)当該未知ペプチドに対する分子量および実験フラグメンテーションスペクトルを測定し;(b)該未知ペプチドの実験フラグメンテーションスペクトルを、該未知ペプチドの分子量に対応する総質量を有する全ての可能性のあるアミノ酸一次配列からなるペプチドライブラリーにつき計算された理論的フラグメンテーションスペクトルと比較し;次いで、(c)該未知ペプチドのフラグメンテーションスペクトルに最も厳密に適合する理論的フラグメンテーションスペクトルの有するペプチドライブラリー中のペプチドを同定することを特徴とする未知ペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。

請求項（抜粋）：

1. (a)当該未知ペプチドに対する分子量および実験的フラグメンテーションスペクトルを測定し; (b)該未知ペプチドの実験的フラグメンテーションスペクトルを、該未知ペプチドの分子量に対応する総質量を有する全ての可能性のあるアミノ酸一次配列からなるペプチドライブラリーにつき計算された理論的フラグメンテーションスペクトルと比較し;次いで (c)該未知ペプチドのフラグメンテーションスペクトルに最も厳密に適合する理論的フラグメンテーションスペクトルを有するペプチドライブラリー中のペプチドを同定することを特徴とする未知ペプチドのアミノ酸配列を決定する方法。 2. 該未知ペプチドの分子量を約30ppmまでの精度で測定する請求項1記載の方法。 3. 可能性のあるアミノ酸一次配列の各々の総質量が該未知ペプチドの分子量プラスまたはマイナス30ppmの範囲内にある請求項1または2記載の方法。 4. 該未知ペプチドの実験的フラグメンテーションスペクトルと該ペプチドライブラリーにつき計算された理論的フラグメンテーションスペクトルの各々との間の適合近接性の示度を計算することをさらに含む前記請求項のいずれか1記載の方法。 5. 該適合近接性示度を計算するときに事前測定された閾値を超える強度を有するピーク値を選択することをさらに含む請求項4記載の方法。 6. 該実験的フラグメンテーションスペクトルを正規化することをさらに含む前記請求項のいずれか1記載の方法。 7. 該アミノ酸がトリプトファン、アルギニン、ヒスチジン、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン酸、ロイシン、トレオニン、プロリン、アラニン、チロシン、カルバミドシステイン、フェニルアラニン、メチオニン、リジン、アスパラギン、イソロイシン、システイン、バリン、セリン、およびグリシンから選択される前記請求項のいずれか1記載の方法。 8. 該アミノ酸が非天然アミノ酸または天然に産出するアミノ酸の化学的修飾形態を含む請求項1ないし6のいずれか1項記載の方法。 9. 該未知ペプチドが約1,400ダルトンを超える分子量を有する前記請求項のいずれか1記載の方法。10.該未知ペプチドに対する分子量を質量分析計を用いて決定する前記請求項のいずれか1記載の方法。11.該質量分析計が飛行時間質量分析計である請求項10記載の方法。12.該未知ペプチドに対する分子量およびフラグメンテーションスペクトルが、タンデム質量分析計を用いて決定される請求項10記載の方法。13.該未知ペプチド中の1以上のアミノ酸をその実験的フラグメンテーションスペクトルからまたはその調製方法から同定し、および該1以上の同定したアミノ酸を用いてすべての可能性のある一次配列のライブラリーを拘束する前記請求項のいずれか1記載の方法。14.該スペクトルがインモニウムイオン領域を有し、該インモニウムイオン領域を用いて該未知ペプチドに含有される1以上のアミノ酸を同定する請求項12記載の方法。15.該同定がアミノ酸の既知の特徴と該実験的フラグメンテーションスペクトルの特徴とを比較することを含む請求項13または14記載の方法。16.該1以上のアミノ酸がN-末端またはC-末端アミノ酸であるか、あるいはそれらを含む請求項13ないし15のいずれか1記載の方法。17.該ライブラリー中の各配列が単一の事前測定された分子量に対応する分子量を有するペプチドを表わすアミノ酸ライブラリーを生成する方法であって、 該事前測定された分子量に対応する分子量を有する許容されたアミノ酸の組合せの一組を定義し;次いで 該組の各組合わせにおけるアミノ酸の全ての可能性のある一次配列のライブラリーを生成し、ここに、該ライブラリーは請求項13ないし16のいずれか1記載に定義した同定によって拘束されることを特徴とする該方法。18.請求項2ないし12いずれか1項記載の特徴をさらに含む請求項17記載の方法。

IPC (2件)：

G01N 27/62 ,  G01N 33/68

FI (3件)：

G01N 27/62 V ,  G01N 27/62 D ,  G01N 33/68