タンパク質構造予測装置、タンパク質構造予測方法、プログラム、および、記録媒体

発明者： , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (2件)：酒井宏明 , 香島拓也
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-046597
公開番号（公開出願番号）：特開2004-258814
出願日： 2003年02月24日
公開日（公表日）： 2004年09月16日
要約：

【課題】リガンド分子を構成する原子が電気的極性を持たない平均的な原子半径を持つ剛体として結合した状態でのタンパク質の全立体構造を同時に構築するタンパク質構造予測装置、タンパク質構造予測方法、プログラム、および、記録媒体を提供することを課題とする。【解決手段】本発明は、リガンドが結合した状態での単鎖を含む複数鎖蛋白質を単純化のため全立体構造作成過程において、リガンドを原子種類に依存しない剛体として取り扱い、該当タンパク質の動的挙動を反映したパラメータと関数を用いて最適化することで、該当タンパク質とリガンドとの相互作用計算を考慮した立体構造予測を行うことができる。これにより従来法に比較して、より信頼性の高い、かつ医薬品設計等に適したタンパク質の立体構造を世界中で解析されている大量のゲノム配列に関しても対応するスピードで構築することができる。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

構造未知の目的タンパク質のアミノ酸配列である目的アミノ酸配列を取得する目的アミノ酸配列取得手段と、上記目的タンパク質と結合させるリガンドを選択し、当該リガンドの立体構造座標を取得するリガンド座標取得手段と、リガンド分子を構成する原子が電気的極性を持たない平均的な原子半径を持つ剛体として結合した状態での上記目的タンパク質の全立体構造を、上記目的タンパク質と上記リガンドとの相互作用計算を行いながら、ホモロジーモデリング手法を用いて構築する拡張型ホモロジーモデリング手段と、を備えたことを特徴とするタンパク質構造予測装置。

IPC (3件)：

G06F19/00 , C07K14/00 , G06F17/30

FI (3件)：

G06F19/00 100 , C07K14/00 , G06F17/30 170F

Fターム (11件)：

2G045DA36 , 2G045FB02 , 2G045JA01 , 4H045AA30 , 4H045AA50 , 4H045BA10 , 4H045EA20 , 4H045EA50 , 4H045FA74 , 5B075ND04 , 5B075UU18

引用特許：

審査官引用 (1件)

アルミニウム合金鋳造鍛造方法、鋳造鍛造用アルミニウム合金
公報種別：公開公報出願番号：特願2001-173072 出願人：アイシン精機株式会社, サミットアルミ株式会社

引用文献：

審査官引用 (3件)

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