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J-GLOBAL ID：201002216131679101   整理番号：10A1006519

ペプチド折畳みシミュレーションは凝集性癖に対する予測情報を提供できるか?

Can Peptide Folding Simulations Provide Predictive Information for Aggregation Propensity?

著者 (2件)： LIN Edmund I. (Univ. California Santa Barbara, California) ,  SHELL M. Scott (Univ. California Santa Barbara, California)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 114  号： 36  ページ： 11899-11908  発行年： 2010年09月16日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 非天然ペプチドの凝集は多くの病気に係わり,ペプチドに基づく治療発展における主要問題である。溶液中ペプチドは種々の複雑ナノスケール形態に組織化される。過去10年の努力は凝集速度または性癖及び疎水性と電荷のような単純配列マトリックス間の著しい相関を明らかにしてきた。原理的に,ペプチド折畳みシミュレーションは完全平衡立体配座集団へアクセスでき,完全原子論的記述を適用できて幾何学及び集団性質の詳細計算を可能にする。ここでは,ペピチド折畳みの分子絵図が類似関係を証明する程度を調べた。レプリカ交換分子動力学折畳みシミュレーションを用い,142種のヘキサペプチドとデカペプチド系の平衡立体配座集団を計算するとそれらの約1/2がアミロイド線維を容易に形成し,1/2は形成しなかった。種々の集団に基づく性質を計算するためシミュレーションを使用し,これらのマトリックスが線維形成について分子上のてがかりを提供する程度を調べた。多重マトリックスが一緒に凝集を理解するのに有用であり,幾つかの論理的回帰モデルも開発し,それらの幾つかは70~80%の精度でもって線維形成を予測し,大きな蛋白質における凝集傾向領域を同定した。重要なことは,これらのモデルが凝集駆動力における種々の分子性質の重要性を定量した;顕著には疎水性相互作用が支配的役割を演じることを示唆した。

シソーラス用語： *凝集 ,  タンパク質結合 ,  *折畳み構造 ,  *立体配座 ,  *オリゴペプチド ,  *アミロイド ,  線維症 ,  手がかり ,  疎水性相互作用 ,  回帰モデル ,  レプリカ法 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  統計解析 ,  相関係数 ,  駆動力
準シソーラス用語： アミロイド線維 ,  アミロイド線維形成 ,  レプリカ交換 ,  線維形成 ,  蛋白質凝集 ,  蛋白質立体配座 ,  分子動力学シミュレーション ,  ヘキサペプチド

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： ペプチド ,  折畳み ,  シミュレーション ,  凝集性 ,  予測