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J-GLOBAL ID：201002221984800460   整理番号：10A0589620

線形空間におけるDIALIGN生体配列整列の高速検索のためのハードウェアアクセラレータ

A Hardware Accelerator for the Fast Retrieval of DIALIGN Biological Sequence Alignments in Linear Space

著者 (5件)： BOUKERCHE Azzedine (Univ. Ottawa, Ontario, CAN) ,  CORREA Jan M. (Univ. Brasilia, Brasilia, BRA) ,  DE MELO Alba Cristina M.A. (Univ. Ottawa, Ontario, CAN) ,  DE MELO Alba Cristina M.A. (Univ. Brasilia, Brasilia, BRA) ,  JACOBI Ricardo P. (Univ. Brasilia, Brasilia, BRA)
資料名： IEEE Transactions on Computers  (IEEE Transactions on Computers)
巻： 59  号： 6  ページ： 808-821  発行年： 2010年06月 
JST資料番号： C0233A  ISSN： 0018-9340  CODEN： ICTOB4  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノミクスにおける成果は生物情報科学の発展なしには不可能だった。ゲノムプロジェクトと結合した配列技術の進化は大量の生体配列データを生んだが,ゲノム配列の決定は遺伝子メッセージ解読の第一歩にすぎない。生物情報科学では2配列の類似性を決定するための生体配列比較が重要なオペレーションで,その結果1つ以上の整列が作られる。DIALIGNは2次時空間において最適な生体配列整列を得るための,動的計画法を利用した正確なアルゴリズムである。線形空間においてDIALIGNを実行する,2つのFPGA波面アレイプロセッサを提案・評価した。DIALIGN-Scoreアーキテクチャーはどんなサイズの配列も比較でき,DIALIGNスコアを検索する。DIALIGN-整列アーキテクチャーはアルゴリズムの変形を実装でき,DIALIGN整列を検索する。FPGA Altera STRATIX上でDIALIGN-整列を実験し,Pentium43GHz上の最適化C言語と比較した結果,141.38までの高速化と,3分45秒から1.59秒への実行時間削減,および最小配列のサイズと高速化の比例を観測した。加えてDIALIGN-Scoreに関して,実DNA配列との比較で383.41の高速化を達成した。

シソーラス用語： ベクトル空間 ,  高速計算 ,  遺伝学 ,  ゲノム ,  情報科学 ,  生物学 ,  *ヌクレオチド配列 ,  類似性 ,  *動的計画法 ,  FPGA ,  アレイプロセッサ ,  *情報検索 ,  計算機アーキテクチャ ,  C言語 ,  計算機アルゴリズム
準シソーラス用語： アクセラレータ ,  ゲノミクス ,  ハードウェアアキテクチャ

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 線形空間 ,  生体 ,  配列整列 ,  高速検索 ,  ハードウェアアクセラレータ